要使用Modbus RTU协议读取三菱PLC从站1的40001地址，需要按照以下步骤进行编程：
配置串口通信参数，例如波特率、数据位、校验位和停止位等。
构建Modbus RTU协议的读取命令，命令格式为：
从站地址（1字节） + 功能码（1字节） + 起始地址（2字节） + 寄存器数量（2字节） + CRC校验（2字节）
其中，从站地址为1，功能码为03，起始地址为40001，寄存器数量为1，CRC校验为命令中除CRC字段以外的所有字节的CRC16校验值。
将命令通过串口发送给PLC，等待PLC响应。
解析PLC返回的响应数据，从中获取所需数据。
注意事项：
在编程过程中应注意Modbus RTU协议的数据格式，如字节顺序和数据类型等。
在发送命令和解析响应数据时，应注意处理异常响应，例如非法功能码或地址等。
FX系列PLC的程序段：
MC:MODBUS_RECEIVE_COMMAND
LD X0 ; 设置从站地址
STL $W8 ; 将从站地址存入D8000
LD 8 ; 设置寄存器数量
STL $W10 ; 将寄存器数量存入D8002
LD 40001 ; 设置起始地址
STL $W12 ; 将起始地址存入D8004
LD 3 ; 设置读取命令功能码
STL $W14 ; 将功能码存入D8006
CALL 'MODBUS_RECEIVE' ; 调用MODBUS_RECEIVE指令
MOV $W16,D8100 ; 将D8100-D8105寄存器的值拷贝到D2000-D2005中
MOV $W18,D8102 ; 将D8102-D8105寄存器的值拷贝到D2006-D2009中
RET
MC:MODBUS_RECEIVE
LOCAL STR[8] ; 定义本地变量
STL $W10 ; 将寄存器数量存入本地变量
STL $W12 ; 将起始地址存入本地变量
STL $W14 ; 将功能码存入本地变量
MOV 4,STR[0] ; 设置串口号，根据实际情况修改
MOV 9600,STR[1] ; 设置波特率
MOV 0,STR[2] ; 设置数据位
MOV 0,STR[3] ; 设置校验位
MOV 0,STR[4] ; 设置停止位
MOV 500,STR[5] ; 设置超时时间（单位：ms）
MOV 16,STR[6] ; 设置每个数据位所需时间（单位：us）
MOV 100,STR[7] ; 设置读写等待时间（单位：ms）
MOVE STR,D2000 ; 将本地变量的值拷贝到D2000-D2007中
CALL 'MODBUS_RECEIVE' ; 调用MODBUS_RECEIVE指令
RET
Q系列PLC的程序段：
MC:MODBUS_RECEIVE_COMMAND
MOV 100,D8040 ; 设置串口号，根据实际情况修改
MOV 9600,D8041 ; 设置波特率
MOV 0,D8042 ; 设置数据位
MOV 0,D8043 ; 设置校验位
MOV 0,D8044 ; 设置停止位
MOV 500,D8045 ; 设置超时时间（单位：ms）
MOV 16,D8046 ; 设置每个数据位所需时间（单位：us）
MOV 100,D8047 ; 设置读写等待时间（单位：ms）
MOV 8,D8010 ;
MOV 1,D8012 ; 设置从站地址
MOV 3,D8013 ; 设置读取命令功能码
MOV 40001,D8014 ; 设置起始地址
MOV 8,D8016 ; 设置寄存器数量
CALL "MODRD" ; 调用MODRD指令
MOV #D8020,D110 ; 将读取结果拷贝到D8020-D8027中
RET
MODRD指令需要在程序中先定义，具体定义方法可参考GX Works2的帮助文档。
需要注意的是，上述代码中的串口号、波特率等参数需要根据实际情况进行修改，且不同型号的三菱PLC编程语言略有不同。建议在编写程序前先查看相应的编程手册和帮助文档。