我认为，自然码更科学一些，通用性更强。
当然，小鹤双拼输入效率也非常高。
相同点不说了，只说不同点。
手心输入法、QQ拼音双拼自然码的好处在于：
这是我的知乎上看到的最科学的解释：
作者：Tagnus
链接：https://www.zhihu.com/question/20191383/answer/159968080
来源：知乎
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最近也在研究各种输入法常见内置的双拼方案，包括自然码、小鹤、拼音加加、微软、搜狗、紫光、智能ABC共7种，按照一定的标准，总有一种最优选择：
1 标准
1.1 相容性
相容性是指编码的唯一性。比如，ia和ua两个韵母是相容的——ia的声母只能是j、q、x，其他声母虽然在发音上是可能的，但标准汉语里是不存在的，而ua的声母只能是j、q、x以外的辅音——因此，可以放在同一键位W，编码JW只能是jia（家）不会是jua，GW只能是gua（挂）不会是gia。再如，v和ve两个韵母是不相容的——如果放在同一键V上——LV可以是lv（率）也可以是lve（略），形成重码。最理想的方案是没有重码。
1.2 规律性
规律性是指方案的易学性。简而言之，易学易记不易忘。最理想的方案是声母、韵母分门别类放置。
1.3 协调性
协调性是指分布的合理性。简而言之，打起来不累。最理想的方案是频率高的键在中排，其次在上排，最次在下排；频率高的键在食指、中指，其次在环指、小指；每个字的声母和韵母分别由不同侧的手触键。
以上三个标准是五笔方案作者王永民提的，针对所有输入法，下面这个我加的，毕竟双拼方案很相近，以上三条不能带来识别度：
1.4 兼容性
兼容性是指使用者的适应性。简而言之，使用者不需做太多调整就可以适应过去的（全拼）、现在的（其他双拼）和未来的（标准双拼，如果可能的话）拼音方案。
2 排除
2.1 根据1.1排除智能ABC方案（注：此方案的键位分布不同于“智能ABC输入法双打模式”）
理论上，双拼不能减少重码，因为，双拼编码最终转为全拼编码，如JW转为jia，对应的还是那些字；但也不应增加重码。而智能ABC的v和ve是同放在V键的，LV出来的是读音为lv和lve的字，增加了重码，其他方案没有发现违反这条重要标准的，所以首先排除智能ABC（我能说这是最糟的常见方案吗？）。
2.2 根据1.4，排除v不在V键的方案（微软、搜狗），排除零声母方案（紫光），排除占用分号方案
双拼最好兼容全拼。
所有全拼方案拼音字母v（ü）均在V键，我希望在使用公用机器打v的时候不要下意识地跑到其他键位上去，所以排除v不在V键的方案。
双拼的节奏是声母1+韵母1+声母2+韵母2+……+声母n+韵母n+……，一个音两个键，奇数位是声母，偶数位是韵母。零声母方案是用O键（或其他某个固定键）占据以韵母开头的音的奇数位（零声母），偶数位为对应韵母。例如，a用OA、an用OR、ang用OS（紫光方案）键入。技术上这是没问题的。（zh、ch、sh放在A、O、E上就不得不采用零声母方案，也许放在不开头的I、U、V更好。）
但是，其他方案，例如a用AA，an用AN，ang用AH（自然码方案），奇数位（音的第一个键）和全拼的第一个键可以保持一致，这在习惯上有连续性，奇数位照全拼打，我只需要注意偶数位的韵母的键入就行了。（另外，在逻辑上也有连贯性：y是i、v的大写（yi，yu唇变舌不变），w是u的大写（wu），我们可以定义a的大写为a（aa），o的大写为o（oo），e的大写为e（ee），舌位不一致不应用同样的大写o，但这点不是重要的。）
以上就是我说的向过去兼容全拼。
2.3 自然码、小鹤、拼音加加三选一
三个方案很类似，都基本符合1.1-1.4。
拼音加加更符合1.2，但直觉上觉得应该更违反1.3（未证实，或不明显而无意义），以此排除它纯粹是主观的理由。但基于以下理由排除拼音加加、小鹤两者（一个历史偶然因素？）。
自然码历史更久，有更好的迁移性，稍加练习可以适应其他方案（微软、搜狗更类似？模仿？自然码）；也可能发展为未来的标准方案。这就是我认为的对现在、未来兼容。（已经有国标双拼GB/T34947-2017，仅听说搜狗输入法内置）
3 结论
自然码方案是目前常见方案中的最优选择（吐槽：智能ABC最糟）。
自然码在双拼后加一个识别码就可以将你要的字选置于最前或较前，使用的识别不是笔画法，而是识别码的拼音就行。例如：打“孩”字，你用双拼打出 h l 之后出来 还海亥孩害等一串供选文字，但你不用选123456...,接着在后面再打一个Z,孩字就到第一位了。
小鹤双拼中，情况类似，但其识别码不是用拼音字母打出的，而是用汉字分解法打出的，所以初学时比自然码难点，但打熟了后，它的重码率比自然码要低些。
我现在用的是自然码。本回答被网友采纳
共同点：自然码双拼和小鹤双拼键位都差不多，双手分配都很均匀，都很科学。