福建医科大学附属口腔医院建院基础为1984年成立的福建医学院口腔医学系，前身为1986年设立的福建医学院附属口腔医院门诊部。自1997年12月开诊后，经过艰苦创业、开拓奋进，现已成为一所集口腔医疗、教学、科研、预防于一体的三级甲等专科医院。2014年增加冠名福建省口腔医院。医院座落在福州市鼓楼区杨桥中路246号，现有4个外设门诊部（交通路门诊部、晋江门诊部、连江门诊部、仁德路门诊部）。
医院科室门类齐全，设有牙体牙髓科、牙周科、黏膜科、儿童牙科、口腔预防科、口腔颌面外科（包括门诊、病房、整形美容等）、种植科、口腔修复科、口腔正畸科、急诊综合科、特诊科、交通路门诊部等临床诊疗科室，其中国家临床重点专科1个，省级临床重点专科6个。
医院现为福建省口腔医学会和福建省牙病防治中心的挂靠单位，是国家住院医师规范化培训基地、福建省执业医师（口腔类别）技能考试基地、福建省口腔临床住院医师规范化培训基地。