除草剂药害是一种生物化学胁迫，无论触杀型或是内吸传导型除草剂，当被植物吸收后，必须对植物的正常生理生化过程进行某种干扰作用，才能把植物杀死。其作用机理突出表现在，干扰植物生长发育过程中的某一个环节，使植物的生理生化过程失去平衡，从而导致植物的生长发育受到抑制或死亡。其基本原理可归纳为如下几个方面：
（1）抑制光合作用。除草剂通过抑制光合作用过程中的光合电子传递和拦截传递到NADP+的电子，达到抑制光合作用，促进植物白化、枯死的效果。
（2）干扰呼吸作用和能量代谢。干扰呼吸作用，切断植物生命活动所需要的能量供给，使植物生长萎缩、死亡。
（3）抑制植物的生物合成。通过抑制色素合成（包括抑制类胡萝卜素和叶绿素合成）、抑制氨基酸、核酸和蛋白质的合成（包括抑制氨基酸的生物合成、干扰核酸和蛋白质的合成、抑制脂类的合成），达到阻滞植物的生命活动，促使植物停止生长，最后萎蔫、死亡。
（4）干扰植物的激素作用。在植物生命活动中，植物内源激素是一个多角色的信息调控物质，在分子水平上，调控着基因的表达；在生理生化水平上，调控着功能蛋白（酶）的活性；在形态水平上，调控着根、茎、叶、花、果等器官的分生和伸长。除草剂通过干扰植物内源激素平衡，达到扰乱植物器官建构和功能的执行，达到促使植物异变、萎蔫、枯死的目的。
（5）抑制微管与组织发育。促使植物组织异变、畸形、萎蔫、死亡。
（6）抑制细胞分裂、伸长和分化。阻碍玉米的生长发育过程。