元朝之所以被朱元璋说成是“胡虏无百年国运”，一点也不冤枉。
虽然蒙古人占了很多地方，也算见多识广，但是本性确实粗犷，弓马倒是娴熟，可是对于政治、经济却是不在行了。在政治、经济上，元朝统治者不得不借助征服地区的智力资源来统治。于是，元朝统治者往往只满足于收取一定的贡献，对于地方上的政务实在提不起兴致，这就使得地方上的官绅开始狼狈为奸，元朝统治者却像世外人一样充耳不闻。如此一来，元朝末年，就形成了相当激化的民族矛盾和阶级矛盾、以及吏治腐败的政治局面。
元朝的民族矛盾，主要是指四等人的民族压迫制度。四等人是指蒙古、色目、汉、南人四个等级。这个制度肇始于元世祖朝，这四等人在量刑、官吏任用、科举方面都有差异。总体来说，蒙古人和色目人受优待，汉人和南人受歧视。元顺帝初年伯颜当政，这是一位非常保守的蒙古人，他实行了很过激的民族政策，比如废科举、禁止汉人、南人学蒙古、色目文字，还禁止汉人和南人持有兵器，没收他们的马匹。甚至，他还提出来要杀光汉人的张、王、刘、李、赵五大姓。这些建议没有被全部采纳，但是却激化了民族矛盾，加深了族群间的裂痕。所以，后人有说，元朝的国策是“内北国而外中国，内北人而外南人”，后来朱元璋北伐檄文中的“驱逐胡虏，恢复中华”，这也能说明当时的民族矛盾的尖锐程度。
在民族矛盾之外，元朝还有很激烈的阶级矛盾。原来，忽必烈平定南方后，大体上维持了南宋的大地主和租佃制度，许多州县的地主土地都被保留了下来，元朝的皇帝还把苏州一带的官田赐给了一些蒙古亲王和贵族，这些官田仍然沿袭官佃制，由佃农耕种交租。元朝对江南富户、大地主的宽容和放纵，甚至超过了南宋。
元朝疆域图
这些大地主们当然也投桃报李，在元末农民战争中，大量地主武装的“义兵”百户、千户、万户等，都在竭尽全力镇压农民起义军。在流传至今的元朝官印中，中书省礼部办法给义兵的印章占有较大的比例。在至正十四年（1354年）脱脱兵败高邮之后，元朝镇压农民军依靠的主要是义兵而不是官军。甚至到了明朝建立，还有一些汉人、南人进士为元朝殉国呢。元朝灭亡之后，少数江南富户和士人依然怀念元朝，除了朱元璋对浙西的富户和士大夫的打压原因之外，元朝民族压迫的四等阶级秩序迅速退化成了地主与农民、富豪与贫民的经济阶级对立。
在这些普遍的矛盾之外，元朝政府没有做任何环节社会紧张局势的工作，反而还在推波助澜。元朝统治者的做法是，随意设置官位，把蒙古游牧官和汉地职官制度嫁接起来，造成了一种奇怪的政治组织形式，简单来说就是一切都是乱糟糟的。蒙汉官制各设一套，宫廷和外廷也要各设一套，都是重复设置的。中央政务官六部之外，再设置了三十多个司、监、府等官署来参加管理，严重影响行政效率。元朝的院、寺、司、府、监的数量和名目，超过了唐、宋以来的任何朝代。元朝的官制，最终出现了“十羊九牧”的情形，当官的太多了，官场行政效率必然要受影响。张养浩说：“自有国以来，名器之轻，无甚今日。”一些皇帝不知道爱惜名器，比如武宗、泰定帝，他们设官过于随意，还经常把官爵当作赏赐物。究其原因，主要是汉法改革不彻底和蒙古贵族对汉地官僚制度的隔膜。
有了这样的官场，那腐败也自然随之而来。元朝末年的腐败已经到了无以复加的地步了，连监管官也都卷入进去了。大家好像都觉得元朝这个大屋子不是我的，该挖一锄头墙角，就绝不会少挖一锄头，好多人都抱着今朝有酒今朝醉的觉悟在办差。当时二十二道肃政廉访司李都有很多贪赃行为，专门整治贪污的“奉使宣抚”率多贪污，以至有“万两黄金奉使还”的说法。本来监察官是打击贪官的，可是他们却先卖官鬻爵了起来，整个政局就基本失控了。
脱脱
虽然元朝末年的政治生态实在是败坏的不得了，可是凭借着快刀快马，蒙古人还有着军事优势，能够压的住场子。可是后来，元朝唯一的一个知识分子宰相，想着办点好事，给朝廷排忧解难，就做了“脱脱更化”的改革。主要有两点：变钞和开河。这两件事出发点都是好的，可是最后的结果，因为政府机关的贪婪，都变成了十足的坏事、恶政。
最后在修河的时候，元朝政府拨付的款子，被各级政府层层卡扣，最后，连工人们的饭钱都不能到位了。过度的劳役，逼迫15万河工在修河的堤坝上造反。