通常会要求进行整改，整改不合格会考虑予以关停。
环保部门是不会直接关停企业的。当然，环保部门可以联合其它部门，引导企业自行注销工商执照。
尤其是近两年来，东莞打击“散乱污”企业，就是七八个甚至十几个部门联合执法，停水停电了的情况下，就算无法直接关停，企业也只能乖乖注销或搬走。
资料扩展：
法律依据;《环境保护主管部门实施限制生产、停产整治办法》
第六条 排污者有下列情形之一的,环境保护主管部门可以责令其采取停产整治措施:
（一）通过暗管、渗井、渗坑、灌注或者篡改、伪造监测数据，或者不正常运行防治污染设施等逃避监管的方式排放污染物，超过污染物排放标准的；
（二）非法排放含重金属、持久性有机污染物等严重危害环境、损害人体健康的污染物超过污染物排放标准三倍以上的；
（三）超过重点污染物排放总量年度控制指标排放污染物的；
（四） 被责令限制生产后仍然超过污染物排放标准排放污染物的；
（五）因突发事件造成污染物排放超过排放标准或者重点污染物排放总量控制指标的；
（六）法律、法规规定的其他情形。
第八条 排污者有下列情形之一的，由环境保护主管部门报经有批准权的人民政府责令停业、关闭：
（一）两年内因排放含重金属、持久性有机污染物等有毒物质超过污染物排放标准受过两次以上行政处罚，又实施前列行为的；
（二）被责令停产整治后拒不停产或者擅自恢复生产的；
（三）停产整治决定解除后，跟踪检查发现又实施同一违法行为的；
（四）法律法规规定的其他严重环境违法情节的。
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