兰州交通大学是中央部委投资省部共建重点大学，交通运输部、国家铁路局、中国铁路总公司和甘肃省人民政府共建大学，“高等学校创新能力提升计划”（2011计划）、全国毕业生就业典型经验高校、中华人民共和国铁道部继续教育基地、全国具有推荐优秀本科生免试攻读硕士研究生资格的高校、中国政府奖学金海外留学生招收院校、铁道部重点大学、教育部本科教学工作水平评估优秀高校、教育部来华留学生示范基地、中国轨道交通职业教育联盟理事单位、中国人民解放军空军后备军官选拔培养院校、国家军工科研生产高校；教育部“卓越工程师计划”高校、国家“中西部高等教育振兴计划”重点建设高校、“中俄交通大学联盟”大学成员之一、“一带一路”高校战略联盟（8国47所）成员之一。
上世纪五十年代兰州铁道学院建校之初被国家中央政府列入原苏联重点援助项目，兰州交通大学作为交通大学的重要分支之一，历史渊源可以追溯到1896年，兰州交通大学位于甘肃省会兰州市，学校由中央部委投资创建，铁道部重点大学, 是甘肃省高水平大学建设院校，入选教育部“卓越工程师教育培养计划”、“中西部高校基础能力建设工程”，教育部本科教学工作水平评估优秀高校、中国轨道交通职业教育联盟理事单位、中国人民解放军空军后备军官选拔培养院校、“中俄交通大学联盟”成员、”中国—东盟轨道交通教育培训联盟“成员高校、全国深化创新创业教育改革示范高校，中国轨道交通人才培养和科学技术研究的重要基地，是一所以工科为主，理学、经济学、管理学、文学和艺术学兼有的教学研究型大学， 具有推荐优秀应届本科毕业生免试攻读研究生资格。
1959年1月铁道部公布《1960—1967年铁路高校专业（全日制）学校发展规划草案》。4月铁道部在成都召开全路高等学校及中等专业学校教育工作会议，会议传达贯彻中共中央教育工作会议关于“整顿、巩固、提高”的工作方针，在总结1958年工作的基础上，提出1959年的工作任务和目标，着重讨论了关于加强学校统一管理、调整新建高等学校以及提高教育质量的措施等问题，确定了6条整顿的原则和具体方案，提出每省1所大学的布局；会议讨论了铁道部《关于加强全日制高等学校和中等专业学校统一管理问题的若干规定（草案）》、《关于整顿1958年新建高等学校意见》等文件。6月铁道部发文规范铁路高校校名和学制。规定：铁道部直属高校，均以“铁道学院”命名，并冠以该院校所在地名；各局、院、厂所属高等学校，均以“铁路学院”命名，并冠以该院校所在地名；铁道部直属高校本科为五年，其他的为四年，专科为三年或两年。1959年6月铁道部在全路高等学校内确定3所重点学校，为唐山铁道学院、北京铁道学院、兰州铁道学院。
1961年3月铁道部在衡阳召开铁路高等和中等专业教育工作会议。会议讨论了贯彻中央“调整、巩固、充实、提高”八字方针问题，具体研究了：关于铁路高等学校及中等专业学校进行调整“四定”的初步方案；关于铁路高等学校及中等专业学校进行充实提高的初步方案；铁道部《关于设置全路重点高等学校和重点中等专业学校的决定（草案）》；《关于铁路高等学校及中等专业学校机构编制的暂行规定（草案）》；铁路高等及中等专业学校专业目录。4月铁道部确定5所全路重点高等院校：北京铁道学院、唐山铁道学院、兰州铁道学院、长沙铁道学院、南京铁道医学院。
2005年，经过铁道部、教育部、甘肃省人民政府批准决定将铁道部重点中等专业学校兰州铁路机械学校和铁道部重点技工学校兰州铁路运输技术学校整体并入铁道部重点大学兰州交通大学。2003年，经国务院学位委员会审议通过，兰州交通大学成为博士学位授予单位。
2020年2月中国国家铁路集团有限公司与甘肃省人民政府签署共建兰州交通大学协议。这标志着兰州交通大学正式迈入“省部共建”高校行列。根据协议，国铁集团将重点支持兰州交通大学加强科技创新、学科建设和人才培养。甘肃省政府将进一步加强对兰州交通大学组织领导和办学支持，在政策和资金上予以特别倾斜和扶持，促进学校高质量特色发展。共建双方将共同促进兰州交通大学建设发展，支持兰州交通大学成为我国西部地区高素质交通人才培养、高水平科学研究、高质量科技创新与成果转化的重要基地，成为工科优势鲜明、多学科协调发展的高水平教学研究型大学。
2021年7月10日，甘肃省人民政府与交通部国家铁路局签署共同建设兰州交通大学协议。
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