蛋白质是生命功能的主要载体，而氨基酸是蛋白质的构件分子。木霉中的氨基酸可以通过缩氨酸作用产生具有抗菌活性的多肽片段，还可以由两个氨基酸水解产生具有抗生性的二酮哌嗪等氨基酸衍生物。
谷氨酸（Glu）是真核细胞中主要含氮细胞成分，是粗糙脉孢菌（Neurospora crassa）分生孢子的主要成分（Schmit et al.，1975）。在真菌中，Glu 代谢的一些方面已经被报道。例如，粗糙脉孢菌（N.crassa）和绿色木霉（T.viride）中，Glu通过Q-氨基丁酸旁路在分生孢子萌发中起重要作用（Schmit et al.，1975；Strigáˇcová et al.，2001）。谷氨酸脱羧发生在液体培养、空中生长和产孢的绿色木霉（T.viride）的指数生长期（Strigáˇcová et al.，2001）。而且，Glu作为深绿木霉（T.atroviride）的唯一碳源时，发生培养基碱性化（Hõlker et al.，1999）。Pokorny等（2004）测定了绿色木霉（T.viride）在蔗糖和谷氨酸中生长的菌丝体中U-14C标记的谷氨酸的摄取，发现以谷氨酸作为唯一碳源时，生物质产量约降低5倍。
γ-氨基丁酸（GABA）是一种非蛋白质组成的天然氨基酸，为哺乳动物中枢神经系统一种主要的抑制性神经递质，具有重要的生理功能，例如降血压、利尿、镇痛安神、改善脑机能、增进脑活力、促进长期记忆、营养神经细胞、改善更年期综合征等。GABA在神经系统的作用已被确认了几十年，与非神经兴奋组织和微生物相比，GABA在神经系统的研究是神经科学家的焦点。GABA代谢涉及原核和真核细胞代谢的各个方面。在细菌中，一些证据表明，GABA代谢参与酸性环境中的细胞内pH值调节（Castanie-Cornet et al.，1999；Ma et al.，2002）。GABA旁路也参与多胺的降解（Shaibe et al.，1985；Schneider et al.，2002）。植物可以通过GABA代谢的变化响应损伤、冷胁迫和真菌侵染（Reddy，2001；Solomon et al.，2002）。它还参与植物的发育、分化和繁殖（Gallego et al.，1995；Chen et al.，1994；Ma，2003；Yang，2003）。GABA在丝状真菌中的作用还没有被深入研究，在一些真菌中的数据也较分散。在粗糙脉孢菌（N.crassa）中，在干燥的分生孢子中GABA浓度较低，但随着分生孢子的萌发，GABA开始形成，谷氨酸脱羧酶（GAD）被激活（Schmit et al.，1975；Christensen et al.，1980）。Kaliňák等（2008）研究发现，在蔗糖中生长的绿色木霉（T.viride）提取物中γ-氨基丁酸（GABA）的含量按照年龄依赖方式减少。当真菌被转移到不含糖的培养基中时 GABA 也从菌丝体中消失。与简青霉（Penicillium simplicissimum）和构巢曲霉（A.nidulans）的菌丝体相比，木霉在培养过程中GABA的水平有相似的发展。结果表明，GABA旁路不仅在真菌中是活跃的，而且受发育调控。在红褐肉座菌（H.jecorina）即里氏木霉（T.reesei）中GABA可以像其他氨基酸一样被利用（Druzhinina et al.，2006）。尖孢镰刀菌（Fusarium oxysporum）代谢和代谢组学研究表明，在厌氧条件下或谷氨酸积累的情况下 GABA 含量升高（Panagiotou et al.，2005a，2005b）。GAD在酿酒酵母（S.cerevisiae）中的异源表达和缺失表明，产生GABA的酶在防御细胞氧化中起重要作用（Coleman et al.，2001）。以上数据表明真菌中GABA代谢也参与代谢的多个领域。