膜蛋白是膜功能的主要体现者.核基因组编码的蛋白质中30%左右的为膜蛋白.根据与膜脂的结合方式以及在膜中的位置的不同,膜蛋白分为内在（integral protein），外周蛋白（peripheral protein）和脂锚定蛋白（lipid-anchored protein).
蛋白与膜的结合方式
①，②整合蛋白；③，④脂锚定蛋白；⑤，⑥外周蛋白 内在蛋白又称为整合蛋白，以不同程度嵌入脂双层的内部，有的为全跨膜蛋白（tansmembrane proteins).膜蛋白为两性分子.它与膜结合非常紧密，只有用去垢剂（detergent）才能从膜上洗涤下来，常用SDS和Triton-X100.
内在蛋白的跨膜结构域形成亲水通道有两种形式，一是由多个α螺旋组成亲水通道；二是由β折叠组成亲水通道.
内在蛋白与脂膜的结合方式：
膜蛋白的跨膜结构域与脂双层分子的疏水核心的相互作用.
跨膜结构域两端带正电荷的aa残基与磷脂分子带负电的极
性头形成离子键，或带负电的氨基酸残基通过Ca2+,Mg2+等
阳离子与带负电的磷脂极性头相互作用.
膜蛋白在细胞质基质一侧的半胱氨酸残基上共价结合脂肪
酸分子，插入脂双层之间，还有少数蛋白与糖脂共价结合. 外周蛋白又称为外在蛋白（extrinsic protein），为水溶性的，分布在细胞膜的表面，靠离子键或其它较弱的键与膜表面的蛋白质分子或脂分子的亲水部分结合，因此只要改变溶液的离子强度甚至提高温度就可以从膜上分离下来.
脂锚定蛋白（lipid-anchored protein)
脂锚定蛋白通过磷脂或脂肪酸锚定，共价结合.分两类，一类是糖磷脂酰肌醇（GPI）连接的蛋白，GPI位于细胞膜的外小叶，用磷脂酶C处理能释放出结合的蛋白.许多细胞表面的受体，酶，细胞粘附分子和引起羊瘙痒病的PrPC就是这类蛋白.另一类脂锚定蛋白与插入质膜内小叶的长碳氢链结合.
附注：朊病毒蛋白（prionprotein,prp）是由一种分子量为33—35kD的正常细胞蛋白PrPc或PrPc33—35发生构型转变形成的
