企业的商业秘密被侵犯，应视不同情况，采取不同方式处理，寻求法律保护的途径和协商均可。
1、民法上的救济。即依据民法上的规定请求违反保密协议的当事人承担违约责任或者侵害商业秘密的侵权人承担侵权责任的方式，民法上的救济的请求权基础是合同或者侵权行为。
2、行政法上的救济。即向工商行政管理机关申请查处侵权行为、提出调解请求。
3、刑法上的救济。如果侵犯企业的商业秘密的行为构成犯罪，权利人可以向公安机关控告，追究其刑责任。同时，权利人可提起刑事附带民事诉讼要求侵权人承担民事赔偿责任。
【法律依据】
《反不正当竞争法》第九条：经营者不得实施下列侵犯商业秘密的行为：
（一）以盗窃、贿赂、欺诈、胁迫、电子侵入或者其他不正当手段获取权利人的商业秘密；
（二）披露、使用或者允许他人使用以前项手段获取的权利人的商业秘密；
（三）违反保密义务或者违反权利人有关保守商业秘密的要求，披露、使用或者允许他人使用其所掌握的商业秘密；
（四）教唆、引诱、帮助他人违反保密义务或者违反权利人有关保守商业秘密的要求，获取、披露、使用或者允许他人使用权利人的商业秘密。
经营者以外的其他自然人、法人和非法人组织实施前款所列违法行为的，视为侵犯商业秘密。 第三人明知或者应知商业秘密权利人的员工、前员工或者其他单位、个人实施本条第一款所列违法行为，仍获取、披露、使用或者允许他人使用该商业秘密的，视为侵犯商业秘密。 本法所称的商业秘密，是指不为公众所知悉、具有商业价值并经权利人采取相应保密措施的技术信息、经营信息等商业信息。
《劳动合同法》第二十三条：用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。
《关于禁止侵犯商业秘密行为的若干规定》第七条：违反本规定第三条的，由工商行政管理机关依照《反不正当竞争法》第二十五条的规定，责令停止违法行为，并可以根据情节处以一万元以上二十万元以下的罚款。
工商行政管理机关在依照前款规定予以处罚时，对侵权物品可以作如下处理：
（一）责令并监督侵权人将载有商业秘密的图纸、软件及其他有关资料返还权利人。
（二）监督侵权人销毁使用权利人商业秘密生产的、流入市场将会造成商业秘密公开的产品。但权利人同意收购、销售等其他处理方式的除外。
第九条：权利人因损害赔偿问题向工商行政管理机关提出调解要求的，工商行政管理机关可以进行调解。权利人也可以直接向人民法院起诉，请求损害赔偿。
《刑法》第二百一十九条 侵犯商业秘密罪：有下列侵犯商业秘密行为之一，给商业秘密的权利人造成重大损失的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金；造成特别严重后果的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金：
（一）以盗窃、利诱、胁迫或者其他不正当手段获取权利人的商业秘密的；
（二）披露、使用或者允许他人使用以前项手段获取的权利人的商业秘密的；
（三）违反约定或者违反权利人有关保守商业秘密的要求，披露、使用或者允许他人使用其所掌握的商业秘密的。
明知或者应知前款所列行为，获取、使用或者披露他人的商业秘密的，以侵犯商业秘密论。 本条所称商业秘密，是指不为公众所知悉，能为权利人带来经济利益，具有实用性并经权利人采取保密措施的技术信息和经营信息。
本条所称权利人，是指商业秘密的所有人和经商业秘密所有人许可的商业秘密使用人。