长春工业大学生物工程在职研究生专业主要覆盖基因工程、生物信息学、生物反应器工程、生物分离工程、生物技术制药、农业及海洋生物工程、医用生物工程和生物工程企业管理。
长春工业大学在职研究生生物工程专业在职研究生课程设置：
基础课：科学社会主义理论、自然辩证法、外语、工程数学、计算机技术与应用。
技术基础课：生物工程导论、高等生物化学、基因工程原理、发酵工程、细胞生物学、生物分离工程、现代分析方法等。
专业课：根据服务的行业的不同来确定，如生物技术制药，可选生物技术、制药工艺和设备、制药工程、现代管理学、农业和海洋生物工程，可选分子遗传学、分子生物学、细胞生物技术、生物信息学等。医用生物工程可选生物医学工程原理与技术、药理学分析、免疫学等。
3、学位论文：工程硕士学位论文的选题应来源于企业的生产实际和企业技术改造提出的实际问题。具有明确的生产背景和实际应用价值，密切结合研究生所在企业技术改造、革新和引进等技术难题和科技攻关项目。其研究课题可以是生物工程相关的工程项目策划、工程设计或技术改造，如生物技术制药的新工艺、新材料、新产品、新设备的研制与开发等。论文要有一定的技术难度、深度和先进性。论文应有解决生物工程相关的研发和技术攻关的能力。具有对新工艺、新技术和新设计的先进性和实用性，并且有良好的经济效益。论文的形式可以是工程设计和产品研制报告，也可以是研究论文。
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