农信社、农商行、农合行这三者主要的区别在于他们的性质、股权设置和治理结构。
首先，农信社是农村信用合作社的简称，是农村地区的金融合作组织，主要为社员提供金融服务，如存款、贷款等。农信社的股权主要由社员持有，社员通常是当地的农民或农村居民。
其次，农商行是农村商业银行的简称，是由农村信用合作社改制而来，是股份制商业银行。农商行的股权更为多元化，可以吸收更多的企业和个人投资入股。与农信社相比，农商行的治理结构更为规范，经营更为市场化。
最后，农合行是农村合作银行的简称，也是由农村信用合作社改制而来，但改革程度介于农信社和农商行之间。农合行的股权结构也较为多元化，但通常会有一定比例的政府或集体股权。
举例来说，如果一个地区的农村信用合作社发展较好，资本充足，治理结构规范，那么它可能会选择改制为农村商业银行。而如果该地区的农村信用合作社发展尚不成熟，资本不足，那么它可能会选择改制为农村合作银行，待条件成熟后再进一步改制为农村商业银行。
总的来说，这三种类型的金融机构在支持农村经济发展、提供农村金融服务方面都发挥着重要作用，但具体的股权设置和治理结构则根据不同的改革程度和实际情况而有所差异。