对于小儿消化性溃疡的治疗，策略会根据患儿的年龄和病情严重程度有所不同。
对于小婴儿，如果出现急性溃疡并伴有出血，可能需要输血并密切观察，穿孔情况则需立即进行外科手术。年长些的儿童，内科保守治疗更为适宜，轻度病例可通过调整饮食来管理，推荐食用软食或易消化食物，避免酸性和刺激性食物。在此期间，可给予粘膜保护剂，如硫糖铝（每次0.5-1.0g）或麦滋林（每次0.3g），对于疼痛较重的儿童，餐前和夜间可服用抗胆碱药物，如颠茄、普鲁本辛或阿托品。
对于重症患者，可以考虑使用H2受体阻断剂，如甲氢米胍（6mg/kg/日，夜间加倍）或雷电尼替丁、洛塞克，这些药物抗酸效果显著，副作用较少。治疗通常持续4-6周，之后逐渐减量，维持治疗可能需要持续6个月到1年。
考虑到消化性溃疡可能与弯曲杆菌感染有关，同时需要配合抗感染药物，如庆大霉素或氟呱酸类药物，特别是在有出血症状时，可适量给予镇静剂，但无需强制禁食，保持适宜的饮食，如婴儿可喝牛奶，年长儿吃软食，以防止病情加重。
对于大量出血，可能需要使用止血药物，如止血粉或云南白药。在严重出血时，应保持绝对安静，可能需要禁食，通过消化道外补充液体，如生理盐水和10%葡萄糖液。在出血无法控制或反复出血的情况下，可能需要考虑手术治疗。如果并发幽门梗阻或溃疡穿孔，内科疗法无效，应进行外科手术。手术后，对儿童的生长发育通常没有影响。
中药治疗方面，如小建中汤、柴胡桂枝汤等配合针刺疗法，特别是选取胃俞、足三里、内关、期门、脾俞、胆俞、三焦俞和中脘等穴位，可能有助于缓解疼痛。耳针疗法中，可以针对胃、小肠及皮质下区进行治疗。
胃溃疡常发生于小婴儿，多为应激性溃疡，十二指肠溃疡多发生于年长儿。小儿时期平均发病率十二指肠溃疡较胃溃疡约多3～5倍。男孩较女孩为多，据一般统计约为2：1。据报道成人病例的21％～50％开始于儿童期。1.6％开始于4岁以前。