对于大、中、型集中供水水源地，就是选择取水地段的具体位置，对小型分散供水的水源地，则是选定水井布置的具体位置。水源地（水井）位置选择的正确与否，不仅关系到水源地建设的投资，而且关系到是否能保证水源地长期经济、安全地运转和避免产生各种不良的环境地质作用。
在选择集中式水源地的位置时，一般应考虑以下水文地质条件、技术和经济条件。
（1）水源地应尽可能选在含水层透水性好、厚度大、层数多、分布广的地段。如冲洪积扇的中、上部砾石带和轴部，冲积平原的古河床，厚度大、裂隙或岩溶发育的层状或似层状裂隙岩溶含水层，延续深远的断裂及其他脉状基岩含水带。
（2）为增加开采补给量，保证水源地的长期均衡开采，水源地应尽可能选择在能最大限度拦截区域地下径流的地段，或接近补给水源，能充分夺取各种补给量的地段。例如，在松散地层分布区，水源地应尽量靠近补给地下水的河流岸边；在基岩区，水源地常选在集水条件最好的区域性阻水界面的上游一侧；在岩溶区，最好选择在区域地下水径流的排泄区附近。
（3）在选择水源地时，应尽量远离原有的取水或排水点，减少互相干扰，避免新旧水源之间、工业和农业用水之间、供水和矿山排水之间产生矛盾。
（4）为保证水源地出水的质量，水源地应选择在不易引起水质污染及恶化的地段上。例如，远离城市或工矿排污区的上游，远离已被污染或天然水质不良的地表水体或含水层地段，避开易使水井淤塞、涌沙或水质长期混浊的流砂层或岩溶充填带等。为减少垂向污水渗入的可能性，最好把水源地选择在含水层上部有厚度较大的稳定隔水层分布的地方等。
（5）为了减少因开采地下水后引起的不良环境地质问题，水源地应选在不易引起地面沉降、塌陷、地裂缝、滑坡等有害地质作用的地段上。
（6）在选择水源地时，还应从经济、安全和扩建前景方面加以考虑。在满足水量、水质要求的前提下，为节省建设投资，水源地应尽可能靠近供水区，为降低取水成本，应选择在地下水浅埋或自流的地段（即就近就浅）。对河谷水源地，要考虑水井可能被淹没的问题；用人工开挖的大口径取水工程，则要考虑井壁的稳定性（安全问题），当有几个水源地方案可供比较选择时，还应考虑未来扩大开采的前景。
在实际工作中，应按以上原则全面分析考虑。若具体条件不能完全满足时，则应分出主次，尽量满足主要条件。上述原则对于山区基岩裂隙水小型水源地的选择（或单个取水井的井位），也基本上是适合的。但是，由于基岩地区地下水分布极不均匀，水井的布置主要决定于强含水裂隙带及强岩溶发育带的分布位置。此外，布井地段上游有无较大补给面积、地下水汇水条件及夺取开采补给量的条件，也是确定基岩区水井位置时必须考虑的因素。