法律分析：通常出现这种情况的有如下两种情况：单位是深圳的公司，业务在上海但无在上海进行工商注册。公司所有的社保都是交纳在深圳，包括所聘请的在上海从事业务的人员。单位是上海的公司，但聘请了一名深圳户籍的人员（通常为高管），并按人员的要求在深圳为其交纳社保（找的是人事代理交纳）在我国，建议按员工的事实上服务地进行交纳，但因为人才流动性太大的问题，也会出现按人员籍贯交纳、及完全按公司的总公司所在地进行交纳等情况。所以上述两种情形，都不能说单位违法，也不能说完全合法。关键是单位在执行前必须与人员获到充足商量才能够执行。
法律依据：《中华人民共和国社会保险法》 第二十三条 职工应当参加职工基本医疗保险，由用人单位和职工按照国家规定共同缴纳基本医疗保险费。
无雇工的个体工商户、未在用人单位参加职工基本医疗保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员可以参加职工基本医疗保险，由个人按照国家规定缴纳基本医疗保险费。