努尔哈赤时期，为了增强满人的战斗力和凝聚力，创立了“八旗”制度，即是满人的军事组织，也是满人的社会组织形式。八旗战时出征，闲时生产，为清廷从马背上打出了一片天下，它们非别有：正黄、正白、正红、正蓝、镶黄、镶白、镶红、和镶蓝这个八个旗。皇太极死后，八旗很多被多尔衮控制，后来，多尔衮也去世了，控制权自然回到顺治帝手中。
一、八旗的第一次变化
皇太极是镶白旗的继承人，而作为皇太极强有力劲敌的多尔衮三兄弟则继承了正黄和镶黄两个旗的势力。正黄旗和镶黄旗一般都是继承人能继承的，所以，努尔哈赤对于这三兄弟的宠爱和偏心很明显。但那时候多尔衮三兄弟年纪太小。才只有几岁，除了阿济格晓通人事外，多尔衮和多铎才只有9岁和8岁。
所谓怀璧其罪，努尔哈赤对小儿子的偏心，加速了他们被其他成年兄长的排挤和嫉妒。在努尔哈赤死后，除了少不更事的多铎和多尔衮外，其余的兄弟都奋不顾身的投入到了争夺皇帝的斗争中去了。因为被十三个兄弟的挤兑，三兄弟集团的争位失败，他们的母亲阿巴亥也被逼殉葬。这使得了八旗势力的第一次变化。
皇太极在争权的过程中成了最后的赢家，皇太极将自己原本属于自己的正白旗和镶白旗改成了正黄和镶黄。将三兄弟集团原本属于正黄和镶黄的旗子变成了二白旗。而为了将实力超过三兄弟集团，能够对其更好的统治，刚刚上位的皇太极设法吞并了正蓝旗，让自己的儿子继承了镶蓝旗，正是在此时，这位刚刚登上帝位皇帝的势力，才进一步的慢慢赶超三兄弟集团。所以在这个时候，出了皇太极和三兄弟集团进行对垒外，其他旗的势力都属于中间和下级实力。
二、八旗的第二次变化
皇太极突然疾病猝死，没来得及选出继承人，八旗势力也在皇太极死后发生了逆转。在其的死讯传到清廷的时候，三兄弟集团便准备在这个时候发动反击，因为这个时候的三兄弟集团已经长大成人，手握军功，影响力也不比从前了。他们的势力已经慢慢的变大，所以在清廷第二个皇帝死后，八旗的势力逐步出现了多尔衮和豪格的两极分化。
皇位争夺战集中在豪格和多尔衮两人中间，后来因为其他势力平平的旗主害怕豪格继位后和其父亲一样打压自己的势力而没有继续支持。再加上豪格非正室所生，没有资格继承皇位。在后来两个集团争夺帝位出现僵局的时候，多尔衮退了一步，扶植了正黄旗势力支持的福临。两黄旗支持皇太极的孩子继承皇位的，两蓝旗是支持豪格的，两白旗则是支持多尔衮，两红旗保持了中立。
因为有两黄旗在，多尔衮当不了皇上，后来多尔衮也就换了一个套路让顺治当了皇帝，两黄旗对此并没有表示过多的反对，由于当时与大明战事比较紧张，所以豪格也没有作出反对，皇位继承之事算是搞定了。
虽然说顺治当了皇帝，但是真正掌权者却是摄政王多尔衮。多尔衮肯定不敢收拾两黄旗，但是他想削弱反对自己的蓝旗势力。他先将蓝旗的统治者豪格给害死，并且将其正蓝旗纳到自己的麾下。
为了避免两蓝旗的旧部发生反叛，他将正蓝旗和自己旗下的正白旗进行混合之后重新组合划分，并且将其组成新的正白旗和镶白旗，由多尔衮自己直接统领。之前多尔衮所统领的镶白旗则服装一换变成了正蓝旗，镶蓝旗并没有做出调整，多尔衮经过这样一番倒腾之后，消除了自己的反对力量。
通过如此分配调试之后，两蓝旗相当于被瓜分改编，原本正蓝旗的兵马现在混合到了属于自己的白旗阵营之下，之前自己所统治的镶白旗则直接改成了正蓝旗，如此一来多尔衮自然就没有了什么后顾之忧。
由于多尔衮和豪格相争的时候两红旗保持在中立的地位，所以多尔衮掌权之后两红旗之前的将领还有统治者并没有改变过多，仍然是之前的原班人马。
按照皇太极所立下的规矩，两黄旗自然名也要归属顺治名下，但是实际的指控权也是在多尔衮这边。等到顺治帝掌权之后通过一定的手段夺取了正白旗和正黄旗统治权，掌控了多尔衮生前的两白旗，由于两黄旗本来都归于顺治帝所有，所以相当于顺治帝掌握了当时绝对的力量，也就是两黄旗以及两白旗。
努尔哈赤在去世之前，将自己亲统的两黄旗按照女真人的旧俗，分给了自己最钟爱的三个小儿子：阿济格、多尔衮和多铎。三个儿子各分十五个佐领。同时，努尔哈赤还明确表示自己去世后，将由阿济格担任镶黄旗旗主，多铎担任正黄旗旗主；至于多尔衮，将会另赐一旗给他。由于经过此次分配后，正黄旗被全部分给多铎和阿济格了，镶黄旗成了努尔哈赤唯一亲自统领的旗，所以镶黄旗在这之后也被称为头旗，并且在此后一直被称为八旗之首。
而当时，皇太极和他的长子豪格则分别统率两白旗。后来皇太极继位，他提出要两黄旗和两白旗进行互换，阿济格、多尔衮和多铎没有提出异议，于是这次换旗顺利完成。
皇太极提出两黄和两白旗互换如此顺利，有以下三个原因：
一是皇太极是君主，而阿济格、多尔衮、多铎当时的年纪都不大，再加上他们的母亲大妃阿巴亥被逼殉葬，暂时还没有和皇太极对抗的能力和勇气；
二是后金已受到汉文化的影响，黄色是君主的御用服色，只有君主或者是君主赏赐后才能使用，阿济格三兄弟是臣子，并没有资格使用黄色。在制度上，多尔衮三兄弟没有反对皇太极的理由；
第三也是最重要的一点，此次换旗只是交换旗帜和服色，也就是换旗不换人，各旗所属人众仍归各旗主所有。这才是阿济格三兄弟能够对换旗没有太大异议的真正原因。
于是这次换旗之后，皇太极也就变成了两黄旗的势旗主。而多尔衮三兄弟，则变成了两白旗的旗主。双方都是两旗人马，两拨人的实力势均力敌，皇太极不占什么优势。这对于皇太极这个君主来说是不能接受的。
于是之后，皇太极便利用自己后金大汗的身份优势，通过对两红和两蓝旗进行排挤打击，一步步的建立了自己的权威。
首先是永平之战后，阿敏（努尔哈赤同母弟舒尔哈齐的次子）逃回关外，皇太极借此机会整肃阿敏。他召集众大臣及贝勒议其弃守永平和图谋自立等十六项大罪。最后处理结果是：削去阿敏的旗主之位，并将其圈禁在家。其所属镶蓝旗则赏给跟皇太极穿一条裤子的堂弟济尔哈朗。
紧接着，莽古尔泰（努尔哈赤第五子）由于在大凌河战役犯下御前漏刃的大罪，受到降爵和罚银的处罚。不久后，莽尔古泰抑郁成疾，因病去世。三年后，莽古尔泰的旗下奴仆告其发欲图谋反，皇太极乘机夺去了他的正蓝旗旗主之位，他的子孙也跟着一起受牵连，被降为红带子。
由于正蓝旗此时没有了旗主，于是皇太极将自己和豪格统辖的两黄旗和无主的正蓝旗的人员全部打散混编，重新划分为三个旗，分别授予正黄旗、镶黄旗和正蓝旗的旗帜。皇太极亲自统辖两黄旗，将新编的正蓝旗授予豪格，这样后金国大汗一系实际控制了八旗中的三旗，上三旗的雏形由此诞生了。
同时，济尔哈朗控制的镶蓝旗和两红旗也都是皇太极的附庸。因此，皇太极当时的势力其实是六旗，对多尔衮三兄弟控制的两白旗形成了压倒性的优势。如不出意外，皇太极最终也会吞并两白旗，完成八旗的整合。
但是在1643年，已经初步完成了绝对权威的皇太极却突然病死。他这一死，就导致了后来一连串的连锁事件发生。
由于清皇太极暴毙之前没有留遗言，没有指定继承人。而大清也没有继承制度。也就是大清皇帝到底谁来继位，不看继承关系，而是完全就是看谁拳头最硬。
那么，当时谁的拳头最硬呢？一个是皇太极的十四弟多尔衮，另一个则是皇太极的大儿子豪格。他们背后都有自己的支持者。但是皇位只有一个，争皇位的人有两个，两人背后都有若干支持者，如果搞不好，两拨人火并起来，清朝估计就完蛋了。