本专科学生去当兵和高中当兵是有不同的待遇的，具体表现在以下几个方面：
经济待遇不一样。本科毕业生应征入伍，按照最高一学年6000元的学费，服役两年就可以拿到大学4年全部的2.4万元学费返还。同时，一些地方政府还对入伍的士兵推出一定额度的经费奖励，有些省市的奖励高达数万元。此外，入伍后，每月还可享受当兵津贴。也就是说，一个大学毕业生服义务兵役两年，能够拿回学费2.4万元，能够拿到当地奖励资金，每个月还有津贴，这些加起来，并不比两年直接去工作的收入低。
服役期间、退伍之后待遇不一样：入伍的本专科学生，服役期间，其家属享受军属待遇，并由其入学前户口所在地人民政府按照本地区有关义务兵家属优待的规定给予优待。退出现役后，不愿复学的大学生，由入学前户口所在地的退伍军人安置机构负责接收，并按照城镇退役士兵的有关规定落实安置政策。例如：杭州市区户籍（不含萧山、余杭）应征入伍的全日制在校大学生一次性奖励2万元；服役两年内，家属获优待金（杭州市区户籍的每年12000元；非市区户籍的，如当地年优待金标准低于杭州的，补助差额部分的50％）；如是应届毕业生入伍，则另补贴大学期间学费（或代偿助学贷款），每人每年最高6000元；参战或者因公负伤致残的，由部队评定残废等级，发给革命伤残军人证，退出现役后，丧失自理能力不能复学的，按照国家有关规定妥善安置。
政治待遇不一样：兵役机关在确定大学生入伍去向时，尽量安排到能发挥大学生优势和专长的部队服役，以满足部队的需要。对表现优秀的大学生士兵，在学技术、选取士官、报考军校、直接提升军官等方面给予优先安排。对退伍后复学的大学生，如本人自愿，且符合相关条件的，在校学习期间应优先选拔为国防生或毕业后直接接收补充军队干部队伍。