事业单位财务制度，是国家财政制度的重要组成部分，是规范事业单位所有经济行为的最重要的基础性规章制度，是事业单位开展财务管理工作的基本依据，内容涵盖了事业单位所有财务活动。
自2012年4月1日起，我国事业单位执行新的财务制度，即新的《事业单位财务规则》。新规则明确了事业单位财务管理的目标任务：1、合理编制单位预算，严格预算执行，完整、准确编制单位决算，真实反映单位财务状况；2、依法组织收入，努力节约支出；3、建立健全财务制度，加强经济核算，实施绩效评价，提高资金使用效益；4、加强资产管理，合理配置和有效利用资产，防止资产流失；5、加强对单位经济活动的财务控制和监督，防范财务风险。
通用事业单位财务制度的具体内涵主要包括：1、对事业单位实行核定收支，定额或者定项补助，超支不补，结转和结余按规定使用的预算管理办法；2、要求事业单位应当将各项收入与支出全部纳入单位预算，实行“一个单位一本预算”，统一核算，统一管理，使事业单位收支管理更加全面完整。其中，单位的支出将划分为基本支出和项目支出两部分，对基本支出预算采取定员定额的方法编制，对项目支出预算按照项目管理的规定编制；从基层预算单位开始编制预算，使预算编制细化到具体项目上。3、事业单位应当建立健全单位资产管理制度，加强和规范资产配置、使用和处置管理，维护资产安全完整，保障事业健康发展。事业单位应当严格控制对外投资。在保证单位正常运转和事业发展的前提下，按照国家有关规定可以对外投资的，应当履行相关审批程序。事业单位不得使用财政拨款及其结余进行对外投资，不得从事股票、期货、基金、企业债券等投资，国家另有规定的除外。4、事业单位应当加强支出的绩效管理，提高资金使用的有效性。5、事业单位应当建立健全财务风险控制机制，规范和加强借入款项管理，严格执行审批程序，不得违反规定举借债务和提供担保。6、事业单位财务监督主要包括对预算管理、收入管理、支出管理、结转和结余管理、专用基金管理、资产管理、负债管理等的监督。事业单位财务监督应当实行事前监督、事中监督、事后监督相结合，日常监督与专项监督相结合。事业单位应当建立健全内部控制制度、经济责任制度、财务信息披露制度等监督制度，依法公开财务信息。
行业特点突出，需要制定行业事业单位财务管理制度的，由国务院财政部门会同有关主管部门根据《事业单位财务规则》制定。
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