德川家正室夫人一般都是大名出身，而且往往是外样大名，为了不让大名有参与幕政的机会，正室别说掌握大奥权利了，两百六十五年幕府正室的后代继承大将军的只有一个，即二代将军夫人浅井江，这还是浅井家和织田家早已微不足道的缘故（夫人母亲是织田信长之妹阿市）
德川幕府排斥外样大名，幕政连御三家都不得参与，这种情况下正室夫人只能做政治牺牲品
之前的镰仓幕府和足利幕府后宫如何我不清楚，也许正如楼主所说正室可以掌握权力，但是廉仓幕府初期大权就被北条家篡夺，源氏大将军不过是政治图章，所以后宫应该无所谓
至于足利幕府，这是一个建立在大名势力均衡上的中央政权，大将军对诸侯并不占有压倒优势，几个大诸侯比起大将军来军事力量丝毫不差，所以后宫也没有这么考虑的必要
最后补充一下，德川幕府是泥轰空前强大的中央政权，对地方的压制能力在泥轰历史是最强的，为了一直将优势保持下去，通过一套非常复杂而有效的制度，整个泥轰保持了两百五十余年的和平，而前两个幕府不到一百年地方上就战乱四起
写得有点乱，楼主随便看看，总之一是势力强大，有必要也有能力展开调控手段，前两个幕府则连自己一亩三分地都问题不断，没有着眼百年的必要和能力
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