你看的是TV版的第25.26集吧，这两集主要是讲述使徒被消灭后，对
真嗣的补完过程，期间讲述了真嗣内心缺乏的东西，和真嗣之所以与其他人有隔阂的原因，比如真嗣所希望的世界，开朗的丽，作为班主任的葛城，仍然在世的
碇唯，和不那么冷酷无情的碇司令，以及所有其他他所希望的人的。
目前作为EVA的官方正式结局的是旧剧场版第二部《Air/真心为你》的结局。
大致是讲丽与莉莉斯融合后，为了满足真嗣不再伤害其他人，愿世界化为无的愿望，世界开始变化，人与人之间的心灵之壁开始崩塌，人类不再维持其固有的人体形态（其实可以理解为人类的躯体就是将人的心灵与他人相隔开的物质），人类不再相互提防其他人，不再排斥其他人，化为一片拥有共有意识的原生质之海（LCL之海），在这个海洋中人与人不再有隔阂，人与人之间可以体验到其他人的快乐、伤悲同时相互补完对方所没有的心灵满足感、完整性。但是这一切都取决真嗣的内心，终于真嗣在自己的内心深处找到了自己长久以来害怕接触其他人、伤害其他的根本，了解了自身的所在，于是他放弃了与其他人融合为一起的想法，再次面对人与人之间错综复杂的关系，从而恢复了自己的形体，而明日香在于量产机战斗时就已经了解到所以她自己的所在，所以也恢复了形体。于是与莉莉斯融合后的丽开始崩坏，
第三次冲击结束。
很多人说真嗣和香就成为了新的亚当和夏娃，然后死亡后的世界开始重生，就像
死海文书和圣经里描述的一样，
伊甸园开始了人类的新生。
但是个人有个看法，其实由于真嗣放弃了人类补完计划，实际上溶于LCL意识之海的人类，如果找到了自己的所在和存在的意义，同样也可以从LCL之海中恢复形体，更像是大洪水方舟的传说，幸存下来的人类再次繁荣。冬月不是说过吗，
初号机化为
生命之树，将来会作为解救人类的方舟。当然了这个纯属个人的看法