播后2～7年均可收获，在9～11月或早春萌芽前都可采挖，在气温较高，土质较差的地方，一般播后2年收获，若年限太长，根容易产生黑心或木质化严重。但在冷凉肥沃的山区腐殖质土上种6～7年的根仍然充实，而不木质化，挖时宜深刨，以防挖断根，或用机械把深层土抖松后把根拔出。
近几年来许多地方都提前收获，如蒙古黄芪在一些地方多采用育苗移栽，即育苗1年再移栽培育1年就挖收。膜荚黄芪在河北安国一带只种1年就收，质量较差。
根挖出后切下芦头，抖净泥土，晒至半干，再集中堆1～2天“发汗”再晒，直到晒干为止，剪去侧根及须根，扎成小捆，即成生黄芪。以身条干、粗长、质坚而绵、味甜、粉性足者为佳。如根形不好、短粗、叉根多的，可切片晒干。667米2产干货200～300千克，高产者可达400～500千克。