栽种后3～4年收获，收获期浙江在6月下旬至7月上旬，安徽、四川8月，山东9月。不宜过早或过迟，否则都会影响产量和质量。选晴天，割下茎叶，挖出全根，抖去泥土，切下芍根加工，留下芍头作种栽用。
先剪去粗根上的侧根，修平，切去头尾、按大小分为三档，分别堆放2～3天，每天翻堆1次。加工时把芍根放在水中浸1～2小时，捞出，放在木床上，两边各站2人手持木槌，互相交叉来回推动芍根，可掺一些砂，增加摩擦力，待表皮擦净后用水洗净。再放入沸水中煮，上下翻动，使受热均匀，一般小根煮5～8分钟，中等粗的根煮8～12分钟，粗大的煮12～15分钟即可煮透。可用竹针试探，如容易刺穿，表明已煮透；也可用碘酒在切面上擦一下，见切面蓝色即退，表明已煮透。将煮好的芍根捞出，运往晒场摊晒。先薄薄摊开曝晒1～2小时，再渐渐地把芍根堆厚再晒，使表皮慢慢干燥收缩，这样晒干的芍根表皮皱纹细致，皮色好。晒时要上下翻动，中午太阳过猛，需用晒席遮盖，下午3～4时后再摊开晒，晒3～5天后，把芍根搬进室内堆放2～3天，促使根内水分外渗，再继续晒3～5天，这样反复堆晒3～4次才能晒干。以两端粗细均匀，粗，无外皮、裂口破皮，无生心、虫蛀、霉变，外表红黄或浅黄白色为合格。以条粗长、坚实、切口整齐、色鲜者为佳。