《萤火虫之墓》讲述了在战火纷飞中失去双亲的兄妹二人的悲伤故事。14岁的清太和年仅4岁的妹妹节子在一次空袭中成为了孤儿，年幼的清太承担起守护妹妹的重任。尽管兄妹二人生死与共的亲情足以擦亮硝烟笼罩的阴霾天空，虽然在他们身上所折射出的人性光芒让身处黑暗世界的人们看到了一缕曙光，但清太弱小的肩膀依然无法抵挡战争轰轰的
巨轮，两个天真无邪的年青生命被炮火碾碎，等待兄妹二人的依然是无法挽回的悲惨命运。在剧中，松岛菜菜子出演兄妹二人的叔母浅野久子一角。全剧将透过她的双眼，为人们讲述这个血泪故事。
昭和9月21号我死了.
战时的日本正受到盟军的轰炸，诚田一家收拾东西躲避战火，他将一罐物品埋到了园里，准备轰炸结束后再取用。母亲让诚田带着妹妹节子先走。慌忙中，诚田也不忘把身在海军的父亲的照片也带走。
诚田一路逃到海边，目睹了城市陷入火海之中。
轰炸结束后，诚田带节子返回城里，整个城市已经是一片废墟。
诚田在路上听到有人通知大家到学校集合，他来到学校听说母亲受伤，于是托好心的老师帮帮照顾节子，自己去探望母亲。
医生面色凝重的将母亲的戒指交给了诚田，然后带他去看已经奄奄一息的母亲。
出来后，诚田将母亲的戒指交给节子保管。节子想去看母亲，但诚田害怕她看到母亲现在的样子而没有同意，并 告诉她母亲很快会好起来。
节子被托给了在西之宫的亲戚，而诚田则留在学校中。
第二天，诚田看到被爬满蛆的纱布包裹的母亲被丢进了大火里……
诚田带着母亲的骨灰盒来到亲戚家，但他不想让节子知道母亲已经去世，便先将骨灰盒藏在了草丛中，等节子睡着后才取回房里。
在已经是一片废墟的后院里，诚田将先前埋起的罐子挖了出来，里面的东西还完好无损，他将一盒糖果留在身上，并将其它东西带到阿姨家，并将母亲去世的消息告诉了阿姨。
夜里，兄妹来到田间玩耍，诚田捉来萤火虫逗妹妹玩，并取出糖果喂节子，节子高兴的转着圈欢呼。
因为知道诚田母亲去世，阿姨对诚田他们的态度就越来越不好，并经常埋怨诚田。在用餐时，阿姨给丈夫和女儿添的饭中食物较多，而给兄妹两的碗里则尽是清汤。
兄妹到海边玩耍，诚田不禁想起了过去的美好时光。
阿姨打算将过去诚田母亲的衣服拿去换米，但节子使劲的拉住阿姨，不许她动母亲的衣服。
米换回来了，兄妹俩都吃的很开心。
但偏心的阿姨却将
米拿去做的饭团给家里人，并责备诚田也应该去做些事，不能吃闲饭。节子不服气的说那些米应该是他们的，阿姨便提出了分开吃饭。
兄妹俩并没有觉得为难，反而很开心的去卖了炊具自己做饭。
路上，节子又不肯走路，并大哭起来，诚田只好将糖果盒拿出来使劲的将里面几颗的糖果拍出来倒在节子手上，节子看到糖果已经不多了，就将手上的大个糖果放回盒子里，舔着手走了。
因为节子经常想念妈妈而在梦中哭喊，所以常受阿姨责备，诚田只好夜里背着妹妹到外面去。一次，他们发现了一个废弃的防空洞，受尽了阿姨非难的兄妹俩，决定搬到防空洞里居住
兄妹俩在防空洞里到也自得其乐，夜间他们捉来了萤火虫，萤火虫如星星一般，满天都是那温馨的光芒。诚田不禁想起了过去和父亲参加舰队游行的情形。
第二天，节子在地上挖了个坑，她想将死去的萤火虫埋葬，这时节子询问哥哥，母亲是否被埋葬在坟墓里，原来阿姨已经告诉她母亲死了的消息，诚田此时不禁痛哭起来。
时间不长，兄妹俩就衣食艰难，诚田向附近的农民寻求帮助但也无所获，农民伯伯劝他回去向阿姨道歉，这样至少有东西吃有地方住，但兄妹俩不想再过寄人篱下的生活，尽管现在的生活很苦，但他们很开心。
一次躲避空袭时，兄妹躲入了西红柿田里，他们挨不住饥饿便摘下西红柿吃了起来。并从地了偷了些菜带走了。
因为两人长期
营养不良，节子生病了。诚田因为偷蔬菜而被发现，被打的遍体临伤，还被送到了治安局，警官可怜诚田放过了他。
因为无以为生，诚田只好乘空袭时到民宅中偷些食物和衣服。
节子病倒了，诚田带她看医生，但因为缺少药品无法治疗。
诚田决定把银行的钱都取出来给节子卖东西吃。在银行里，诚田得知日本已经战败投降，海军已经全灭，而父亲也已经不在了。
诚田精神恍惚的回到家了，发现节子拿着糖盒，口里在咀嚼什么，他拿过糖盒从里面倒出的是扣子，他立刻把节子口中的扣子取了出来。而此时的节子已经神志不清，非常虚弱了。
诚田准备拿西瓜给节子，节子将两块石头摆在一起，并安详说道：哥哥，石头保护你，再见
诚田强忍住眼泪将西瓜喂给节子吃，当诚田转身去
煮鸡蛋时，节子就再也没睁开眼睛。
诚田将节子火化了。
夜空中，无数萤火虫在空中飞舞，黑暗中节子拉着哥哥的手，快乐地吃着糖果，满天的萤火虫欢快地飞舞，仿佛在祝贺他们终于找到了幸福