清政府的海军主力是福建水师，又称福建海军。是中国第一支近代化海军舰队（阿思本-李泰国舰队因指挥权问题故不在其列），由福州船政局节制。同时也是当时装备国产化程度最高的一支近代化舰队。
1884年中法战争之前，规模，实力均为国内之首，驻防福建沿海，主要舰船由船政工厂自制。
它共有中左右前后5营，额设官兵4300余名。就海岸防卫部队而言，它在厦门岛、波浪屿岛共有兵丁517名，但分在10处汛地、24个堆拨以及厦门城四门、水操台等40余处，并在厦门岛外围的大陆一圈海岸。
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成立背景
1860年代由左宗棠奉命成立福建船政后，随着福建船政制造厂和船政学堂的不断发展，马江附近的军港设施日益健全、船政制造的军舰和培训出的海军人才也渐成规模。
清同治五年(1866)，清政府命沈葆桢总理船政事务，统管造船厂和前后学堂、水师营。
在连续建造“万年清”“湄云”“福星”3艘兵舰后，经船政大臣沈葆祯奏请批准，将福建船政的军舰编成舰队，设轮船统领统一管理。
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