人工辅助授粉是提高杂交玉米制种产量的有力措施，特别是在花期未能很好相遇的情况下，更应做好这项工作。人工辅助授粉方法主要有两种：
（1）晃株授粉。在父、母本花期相遇良好、父本花粉量较大的开花盛期，每天上午露水干后的8～11点（阴天下午也可进行），用一细棍拨动父本茎秆的中上部或用手摇动父本植株，促进散粉。
（2）采粉授粉。在父本花粉量不足、花期相遇不好、母本行比例太大时，可采用人工采集花粉给母本授粉的方法。在晴天上午8～10时，于父本采粉区内，用厚纸盒做的采粉器（注意不要用金属器皿，以免吸热温度太高，降低花粉生活力）采集典型健壮株的新鲜花粉，筛去花药和黏结块，迅速倒入一包好纱布或尼龙网的授粉器内（授粉器可用直径2.0～2.5厘米，长20厘米左右的竹筒、纸筒或塑料筒做成）进行授粉。采集花粉时要注意采用新鲜花粉，现采现授。授粉时要将授粉器纱布封口对准花丝抖动，使花粉落在花丝上。