起初，多数科学家认为地衣是一种藻类，也有的认为是菌类。直到1867年，地衣之谜才被瑞士——德国著名微生物学家西蒙•施文德纳揭开，后来，著名的真菌学权威狄巴利等人又对地衣的互惠共生现象做了全面描述。至此，人们对地衣才有了进一步的认识。
原来，地衣并不是一种植物，而是两种不同的植物亲密地、彼此互相依赖地生活在一起，生物学家把这称为互生现象。这两种植物的名字叫水藻和真菌。水藻是一种低等的绿色植物，在房后和枝干背阴处，以及潮湿的石头上都可以找到它。真菌就是蘑菇一类的植物。经过研究，科学家们认为，真菌已经失去了制造自身需要养料的能力，但却有吸收大量水分的能力。水藻的生存本领很大，只要把它放在潮湿的空气中，就能从空气中吸取它所需要的养料。可要把水藻放在干燥的空气中，它就会枯黄。水藻这一奇特的本领正好弥补了真菌的弱点，它为真菌提供碳素营养。如果地衣的共生藻是蓝藻，它还能从大气中固氮，供自身及共生菌同化作用之用。而真菌又为水藻提供足够的水分、矿物质和保护。就这样，它们互相依靠，共同生活。正是由于这样一种互惠共生的关系，才使地衣具有如此之强的生命力和适应性。
这种观点具有很强的说服力，被许多生物学家所接受和认可。可是，后来人们通过现代化的手段对地衣进行了研究，发现互惠共生说有一个致命的漏洞：科学家们查明，水藻提供给真菌糖醇，却没发现真菌提供给水藻什么东西。说明互惠共生说难以成立。在1902年，苏联地衣学家亚历山大•伊莱金在施文德纳的“寄生假说”基础上，提出了“受控制寄生”的观点。1982年，美国克拉克大学生物学家弗农•阿曼特杰重新提出寄生假说，但这种寄生现象是受某种方式控制的，并被自然界中具有抗性的藻类所改变。
阿曼特杰经过实验发现，真菌只能与共球藻属中的某些种类形成初生地衣体，却不能同其他藻类形成地衣体。其他藻类的细胞会受到真菌的吸收或胞内菌丝充满而死去。阿曼特杰认为，所谓菌、藻共存是相对的。事实上，真菌比任何物质更容易杀死藻类，它们之所以会共存，是因为藻类对真菌能产生植物抗毒素或具有较高抗性的细胞壁，所以被杀死的速度较慢，使被杀死的和新生的藻细胞处于一种平衡的状态，并能不断为真菌输送养料。而那些对真菌没有足够抗性的藻类，就会被真菌杀死，因为被杀死的细胞与新生的细胞不能成比例。阿曼特杰得出结论说：藻类从真菌内并未得到什么好处，而且还不得不与真菌进行生命的抗争。他推论说，地衣也许是真菌遇到一些具有抗性的藻类，并依附其上，勉强发育出的一种特殊生物。
但是，坚持互惠共生说的观点，理由也是很充分的。人们发现，地衣中的藻类在光合作用中可使90％的碳得到固定，并转换成糖醇，可藻类一旦脱离真菌的影响，光合能力便大大降低，且停止分泌糖醇。这种发现，对寄生说是很不利的。