巫族历史悠久，源远流长。根据历史记载：《春秋元命苞,循蜚纪》云：人皇氏有巫常氏，《参庐纪》有列氏、丽氏、巫氏，为巫姓的起始。 历来的姓氏文献已有确凿的证据可凭，据《姓氏考略》和《姓苑》、《姓纂》、《通志氏族略》记载：巫姓起源有三种来源：
1、源于上古，是以技能作为姓氏的。古人相信万物有灵，而且可以通过精神感召使神灵降临，于是便出现了专以舞蹈来召威神灵的职业——巫（巫字古文象人挥两袖而舞）。巫人以祝祷、占卜为职业，其后代有的便以这种技艺的名称“巫”作为自己的姓氏。巫人的后世子孙多在夏商两代为任，仍操持祈祷、治病职业，渐成一种固定的职官，或称巫祝，或称巫臣，他们的后代都以巫为姓。也有以“巫臣”为姓的。
2、相传，黄帝时有医生巫彭，此为巫姓之始。
3、商代大臣有巫咸，又作巫戊，相传他发明鼓，是用筮占卜的创始者，又是一个 著名的占星家。他的后代子孙，子孙都以巫为姓，称巫氏。也有以官为姓，称巫咸氏的。
以上摘录《百家姓》中的巫姓起源部分。
巫姓的起源除上述三种情况之外，在巫氏族谱上还有另外一种记载：巫姓始祖乾公：黄帝轩辕氏之裔、按《罗泌路史》巫人为高辛氏才子，显於唐虞，封於巫，乃帝喾之裔， 称八元、阏伯、实沈、叔戏、晏龙、巫人、绩牙、厌越、为虞布五教，与八恺称十六相 （作十六族）。又按帝喾高辛氏生子乾公，采郡於青州山之西平阳立郡，由斯名山西平阳 郡封巫氏系属平阳郡。
从《姓氏考略》和《姓苑》、《姓纂》、《通志氏族略》及巫氏族谱记载：归根起来大致为四种起源：
1、巫术始祖的后裔，其代表人物有巫咸，远古时代，由于科学不发达，认识水平极度低下的情况下，由于不能解释神秘的自然现象，于是就萌发了一种决定人类命运的“天命观”。人们遇有大事都请巫师来祈祷求神，希望通过神灵的帮助,能够实现自己的美好愿望，而巫师是当时最高的知识分子，是精神文化的权威，是教育、艺术、科学的掌管者和传授者。在远古部落社会，政祭本是合一，而后政权、神权分立，是以神道设教推动神权，以铃制人主。而神权职由巫史执行，古时巫史为初民之先导，古之史官皆老成硕望，深通古今之长者，由其执行神权，可阴制人主之过行，是为制治美意良法。上古之女性酋长为巫，巫为龙族的象形。（说文）说，（巫、巫祝也，女〔巫〕能事无形〔神〕以舞降神者也，象人两袖舞形与工同意）。而巫字用以（上一顶天，下一立地，直通天地，中统人与人），表示具有统领天地间之神灵，生灵等之义，而能与神通话，或慰抚神的人，转而掌司祈祷及服务人群的意思。《吕氏春秋篇》亦言巫咸作筮，卜人尊巫咸为先卜、明卜。《离骚篇》注：巫咸唐尧时人，以作筮著称，能祝延人之福疾，知人之生死存亡，期以岁月论断如神，尧帝敬之为神巫，并封为良相。生前封于此山，死后葬于山中，并封巫咸所住的地方为巫咸国，巫咸的儿子自然是巫咸国的国王，后被巴国兼并成为巫郡。《山海经·大荒西经》载：大荒之中，有山名曰丰沮玉门，日月所入。有灵山，巫咸、巫即、巫盼、巫彭、巫姑、巫真、巫礼、巫抵、巫谢、巫罗，十巫从此升降，百药爱在。《山海经》里巫咸相当于群巫之首，是鸿医的始创者，这些干巫的人他们的后代子孙多数以巫为姓，但也有以卜、祝、咸为姓的。据《姓苑》记载：黄帝时代有神巫称为巫咸，有的子孙便以咸为姓，咸氏《姓苑》云：咸氏，巫咸之后，今东海有之，现在的巫、咸二姓，均为巫咸的后裔。
2、医药始祖的后裔，其代表人物有黄帝时代的宰相巫彭，也是巫姓见於史册最早为显赫者。《姓氏考略》黄帝时代（公元前2690年），有个叫巫彭的人，他通过观察动物自己采吃植物治伤，他发明了中草药，替人治病，因他医术精明，黄帝轩辕氏敬之为神，封为医相，五千年来一直为我国医药学始祖。还有名医巫访：精医术，著有小儿颅离经，可占天寿与判别疾病生死，巫姓子孙世代相传相授，为吾国最古之幼科医学。
3、帝王赐姓制，古者天子建德，因生赐姓，胙土命氏，诸侯以字为溢，因而为族，官有世功，则有官族，或以邑以居以事，贵贱悠别，姓与氏遂分，氏是姓的分支，三代之后，姓氏始合为一焉。据罗泌《路史》记载：巫人为高辛氏才子，显於唐虞，于公元前2435年封於巫,乃帝喾之裔，称八元、阏伯、实沈、叔戏、晏龙、巫人、绩牙、厌越、为虞布五教，与八恺称十六相（又作十六族）。另外在《神话古典小说》也有记载：帝喾纳四妃：元妃有邵氏，女曰姜原，生弃（即：后稷), 后生一子：台玺。次妃有娥氏，曰简狄，生契，三妃陈锋氏，女曰庆都：生尧，四妃訾管氏，女曰常仪，生挈。纳二侧室，一个生二子：阏伯、实沈，一个生三子：叔戏、晏龙、巫人；后又纳羲和为妃，生十子：伯奋、仲堪、叔献、季仲、伯虎、仲熊、叔豹、季狸、续牙、厌越。从《神话古典小说》和巫氏族谱的记载：可以认为巫人和巫乾是同一个人，名人，字乾，为帝喾的支子，黄帝轩辕氏之裔。
4、由巫马复姓演变而成，周代的官僚体制中，有一种专门掌管养马并为马治病的官员，称为巫马，也就是马医官。巫马的后代子孙，有的就用祖上的官职名称命姓，称巫马氏。以后又逐渐形成了单姓巫。巫马氏望族居鲁郡。西汉时置鲁国，三国魏及晋代改为鲁郡。相当于现在的山东。巫马施：春秋时期晋国名人。是孔子的弟子，曾在鲁国为丞相，有治绩。 据上古神话演义《大禹治水篇》云:舜帝时代有江淮流域部落领袖巫支祁，他上彻天文，下通地理，力逾九象，术妙万端。尤其是水文水利知识他非常丰富，对于淮河流域和长江中下游地区的所有河流，每个湖泊的水文地质情况他都了如指掌，并有水神水怪之称。大禹治水就是采用了巫支祁的建议方案，原先治水都是用水来土挡的方法，因此一直治不了水患。后来大禹请教巫支祁，巫支祁叫大禹用“疏凿”的方法，并告诉禹各条河流的地质情况其要害地方，开凿的路线图，大禹按照巫支祁的方案做才治好了多年的水患。巫支祁有三个儿子：长鸱脾、次桓胡、三奔云，都非常了得，武艺高强、神通广大，又非常霸道。所有千里之内，各个部落都听他的命令、受他的节制，占据了整个淮水流域和长江中下游地区，自桐柏山以南直至云梦大泽，更通到湘水之源。由于巫支祈父子过于霸道，舜帝派禹进行征讨，禹不能敌。后来，禹召万神（指所有部落）共战巫支祁，三子败死，自己被俘。在中国古典神话小说《大禹治水篇》记载：禹王南巡，会诸侯于涂山，众诸侯排列，出接车驾，二十四路诸侯中有巫立侯春。
《晋书》唐虞之羲和,夏朝之昆吾，商之巫咸，皆掌著天文，所传之三家星图，巫氏与矣。邹淮《历书》巫咸星图，所列星座十又九焉，此为测天文之首也。巫咸是天文学的创始人之一。据《姓苑》之说：殷帝太戊使巫咸祷于山河，咸巫居于此，是为咸民，去南海万千里。考《史记》正义：巫咸及子巫贤，冢在江苏省常熟县西北，海虞山上，二公本吴人也。并在常熟县建有咸、贤二公《双相祠》又称巫公祠，十八祠列为第一祠。
由上各种情况可知，巫姓之由来与其所司之职巫史、卜筮之官有关，巫姓是由职业和官职演变而来的，是古代之名门贵族也，与中华民族几千年历史同流同远。巫字上一划顶天、下一划立地，人与天地相通，所谓：“顶天立地平阳巫”，是我国古老之姓氏。在上古时代，巫族曾经有过辉煌灿烂的年代，其影响极大、流传甚广、历史之长。巫们的地位是很高的，巫和政是分不开的，巫所从事的社会职业亦是尊贵的，巫族从三皇五帝开始到商朝其地位一直是很高，在商朝有巫咸、巫贤父子宰相主持国家政务，大权在握，并且还有些大夫一级的官员。这些巫氏先辈们，博通各艺，辅相国家，个个都是为民利国之臣，此乃巫族鼎盛时期也。
巫族相信万物有灵，而且可以通过精神感召祖巫降临，并能召唤各种生灵助战，修行传说中的通灵术，不需具备强横的力量，讲求一种精神信仰和精神力修为，成效极快。《说文》：“巫，祝也。女能事无形，以舞降神也。”又《汉书·郊祀志》：“民之精爽不贰，齐萧聪明者，神或降之。在男曰觋，在女曰巫，使制神之处位，为之牲器，能知四时牺牲，坛场上下，氏姓所出者以为宗。”
