尽管国有控股公司担当了政府管理国有资产的部分职能，但究其本质依然是公司法人，必须遵守《公司法》等相关法律法规。从有关规范性文件出台至今，国有控股公司在我国已经实践了很长一段时期.有学者通过比较国外的国有控股公司的运作模式、运行效果等内容。指出我国国有控股公司有两点明显的缺陷：
一是国有控股公司运作不规范可能成为政府干预企业的更有利的工具：
二是国有控股公司和被控股公司之间的协调相比私人企业来讲更加困难。因此。如果国有控股公司治理不当.将导致国有股权行使不规范和法律监管不到位.非但不能起到有效管理国有资产的目的.反而在国资监管机构与国有企业之间徒增一道外表华丽的屏障。迷惑人们的眼睛。笔者认为，国有控股公司中国有股权的特殊性有以下几个方面：
(1)股权主体的代表性。即公司中国有股东仅仅具有代表身份，实质上的股东是国家或全民。名义上的股东是政府国资监管机构。
(2)股权行使具有非经济性目标。一方面.这是由国有企业的性质所决定，特别在国有垄断性行业中.追求经济效益并非公司的首要价值目标：另一方面.国有股东的政治性身份决定其政治性目标。
(3)国有股东的强势地位导致其具备超股东特权。在国有控股公司中，国有股份通常处于绝对或相对控股地位.加上国资监管机构的监管权与股东权天然结合在一起，更助其代行股东f大)会、董事会和监事会的部分职权。这与《公司法》规定的非国有公司具有显著区别。
(4)股权行使效果的考核方式及其路径特殊。与一般公司股东不同.国有股东行权效果需要经过国资监管机构的考核.而考核方式及其路径在实践中存在着不合理与不规范之处.从而引发许多问题。
(5)责任追究机制的特殊性。由于国有股权行使的不规范缺乏有效的监督措施.引发国有资产经营效率低下.甚至国有资产流失的案例不在少数.这其中高额的代理成本和责任确立与追究的非市场性决定因素是其主要原因国有控股公司中国有股权行使不规范及监管不到位与其公司治理结构紧密相关 张维迎教授援引布莱尔的观点认为.公司治理从狭义上是指有关公司董事会的功能、结构股东的权力等方面的制度安排：广义上是指有关公司控制权与剩余索取权分配的一整套法律、文化和制度性安排。在法律意义上.公司治理不仅包括股东权益的保护.而且也包括第三人、公司债权人以及其他利益相关者权益的保护 因此.概括来说.目前国有控股公司治理结构存在的主要问题体现为内部治理结构弱化和外部监管不完善两个方面 前者主要表现为内部人控制问题严重和激励约束机制不健全：后者主要表现为股权结构不合理、外部监控机制不健全和法制环境不够完善等方面。
企业出资人即股东权力主要包括三部分：资产收益、重大决策、选择管理者。自从十六大提出新的国有资产管理体制以来，国有资产收益权、重大决策权、选择管理者权均被赋予国有资产监管机构 在此基础上，《企业国有资产法》进一步明确了国有资产监管机构“管人、管事、管资产”相结合的出资人即国有股东的法律地位 对于以上三者之间的关系.国务院发展研究中心专家张军说.“管理必须通过管人来实现”：该中心企业所张文魁也强调.“国资委的主要工作就是管人 具体体现在对国有企业董事的推荐和考核”因此.国有股权行使的首要内容就是选择管理者。在国有控股公司中.国有股权代表一般担任公司的董事长、副董事长、监事会主席等职务或兼任公司总经理、副总经理、财务总监等职务。从国有股权管理的实践来看.现阶段的国有董事、监事等大多是采取上级任命的方式.这种直接任命或组织推荐的股东代表往往不具备胜任经营管理工作的素质要求。
如今，136户中央企业中有近半数企业的一把手归中组部负责，副手归国资委负责.而中组部在考察企业领导过程中不免倚重政治衡量标准.这与市场经济体制和国企改革宗旨是不相符合的。而选人机制不合理引发的直接后果便是激励约束机制不健全和考核及监督机制的失效 以考核为例.由于大部分股东代表并非真正意义上的“企业家”.所以对其考核自然不是依据“企业家”标准。而要顾及其行政身份，将“业绩”与“政绩”混在一起考核不能达到改善公司经营的效果在“管事”和“管资产”方面.要求国有股东对国有控股公司发展战略和长期规划提出指导建议.参与制定、执行公司重大经营决策，按期收受股东权益，谨慎经营国有资产以实现其保值增值.否则承担相应法律责任。然而.以国务院国资委现有的人力配备很难真正行使对l36家央企的国有股东权利.这就决定了很多情况下国有股权的行使处于“粗放型”状态。
其一,国有控股公司的一个典型特征是“一股独大”.而在短期内改变这种现象几乎是不可能的。此种状态下.国有大股东操纵公司董事会.导致关联交易十分严重.很多国有控股上市公司沦为大股东的提款机、.而且大股东的不当行为直接损害了公司和中小股民的利益.此种情况在股权分置时代表现尤为突出。
其二,内部人控制严重。绝大部分国有控股公司中，股东会、董事会、监事会的组成一般是由国资委授权的国有股东代表构成.这些人员之间往往存在“裙带”关系.并且存在董事会与经理层互相兼任、执行董事在母子公司双重兼职等现象，进而无法实现《公司法》中规定的股东会、董事会、监事会和经理层之间相互制衡的效果，从而真正掌握企业命运的是以经理层为代表的企业“内部人”。
其三，董事会的核心作用难以有效发挥。首先是董事会成员结构设置不合理.其次是缺乏对经理层的有效监督、再次是董事会议的运作方式不符合法定程序。以上三点必然导致公司董事会治理机制虚化.而董事会作为公司治理结构的关键.其核心作用难以有效发挥将直接影响到国有股权的收益。其四，经理层的选拔不符合市场化的操作规律 目前许多国有控股公司的经理人员仍然是按国有企业领导干部的管理模式来选拔和聘用.在董事兼任经理的场合自不待言 这使得公司治理结构中的角色与职责定位不相称.破坏了公司董事会与经理层之间的法律关系。其五.公司内部监督机制和外部监督机制尚不健全。比如监事会的地位没有得到应有的重视.以资本市场为中心的公司外部监督机制还只是处于初步建设阶段等.限于篇幅此处不展开论述由上可见.国有股东在行使国有股权的过程中。
一方面没有严格执行相关法律法规.另一方面对于国有股权的运行规律和效果缺乏科学论证与考评，没有充分认识到国有控股公司的运营特点，从而导致国有股权行使与监督偏离国有资产管理体制的设置目标。
