在晚清皇帝中，同治皇帝的死因一直是史学界和民间的热门话题。同治皇帝死于19岁。根据官方记录，他死于天花。但据民间传说，同治皇帝死于梅毒后，曾以单衣出入妓院。同死于梅毒的说法，通过野史、小说、电影等流行载体，传遍了全世界。似乎家喻户晓，成为普通人茶余饭后的谈资。在历史研究者中，有人说死于梅毒，但更多的研究者认为这个谜团应该根据可靠的档案来解开。通过对清宫档案史料的分析，得出同治死于天花而非梅毒的结论。双方各执一词，共治死因成为中国近代史上的难解之谜。同治皇帝死于什么病，一直是个谜。长期以来，不同的观点一直很流行。
据说他死于痤疮，也就是性病。从同治皇帝平时的行为习惯来看，他很可能感染了梅毒。据《清史》年的记载，同治皇帝选皇后时，在西太平洋战争后与生母发生争执。西太后喜欢美丽轻佻的侍郎冯秀的女儿，但同治皇帝和东太后慈安都喜欢清朝唯一的“蒙古状元”阿鲁特的女儿崇启。她虽然长相普通，但举止谦虚，一看就知道她很善良。皇帝不顾母亲反对，选阿鲁特为皇后，冯女秀只得到了一个惠公主。慈禧太后对此一直耿耿于怀，甚至没有对崇启一家给予特殊照顾。婚后，同治嫁给了慈禧太后，进一步引起了慈禧太后的不悦。
慈禧太后千方百计疏远皇帝，派太监阻止皇帝和皇后相见，逼迫同治接近惠妃。此时，同治皇帝虽有一妻四妾，但不左不右，不能独立，只好独自留在清宫。在乾隆年间，同治皇帝很难独眠，所以经常乔装成普通人出宫。据说井里有几个人亲眼看到了同治皇帝的下落。后来根据宫里传来的消息，同治皇帝病重。据此，人们有理由怀疑，皇帝可能是散步时光顾了前门外八大胡同的妓院，因而染上了梅毒。现在，许多与这段历史有关的文学作品都采用了类似的说法。蔡东藩的《大清演义》也持有这种观点。
它死于痈，俗称癌症。李次明《越满堂日记》年说：“同治十三年十二月，崩。首先，在11月.上螺旋有痈，物品背面也有，溃烂。前十几天就晕过去了，谁也不认识。”还说“他的病其实是感染了毒疮”。查一下，痈，也叫痈，和疔疮的病因一样。通常是葡萄球菌侵入毛囊汗腺引起的，但范围较广。就像大多数疖子都是突然长在一个地方，多在颈背部和臀部，从栗子到手掌不等，疮多，异常疼痛。这个病刚开始的时候一定要马上就医，但是之后就很容易出危险了。这个解释和李慈铭的记录很接近。
翁同_说自己死于天花的时候，就持这种观点。他在日记中写道：“11月的第二天，他去了内政部长的办公室.李瑟娥熟食店，庄守和，医生。根据他的脉象，天花持续了三天，脉细而渴，腰疼，耳内流脓，四天不大便。颈密，色滞，燥，所以是严重危险，不管吃，喉咙痛，恶心。第八天，两宫太后在御榻上点燃蜡烛，让大臣们上前行礼。在手臂上，他低声说，“谁在这里？“看着天空，文琪韦尔躺在外面，开着非常密集的花，眼睛微微露在外面。翁同_说“天花持续了三天”，“花极其密集”，这是他亲眼所见，他的记载应该是可靠的。同样，同治皇帝病逝的当月29日，大公主也死于天花。可见当时天花在皇宫里是很流行的。
此外，天花初期患者行色匆匆，一般伴有发热、脉搏加快，而梅毒患者则不急，无发热症状。《清宫故事同治皇帝的特殊兴趣》记载，同治在发病初期曾连续7天高烧，如“脉率浮疏，为风吹所致，殷琦不足，不能外露，致发热、头晕、胸闷、腿痛、出疹，有时因气塞而昏厥”，“咽痛、胸闷、头晕、体热”。况且在《同治医案》这一段，《清代野史大观》还说“皇帝长不了痘，人家怀疑是柳叶病。”也说明同治皇帝死于天花，所谓死于柳叶病纯属误打误撞。
除了以上三种说法，还有一种说法是同治皇帝死于西太后之手。费行健在《穆宗微走》年说：“王庆其被揭发后，王太后在穆宗掌权后仍多加干预，但为了照顾老人，要求修园。这是禁止孤立，停止搞政治，实际上被太后感觉到了，引起了奇怪的变化。”从西太后的暴虐残暴、凶残邪恶，以及光绪皇帝晚年的不幸遭遇来看，这种说法似乎有一定道理，但只是附带的臆想，没有事实依据。某种程度上，西太后干预天皇的管理是有可能的，但她自己亲手杀死自己的儿子似乎不太可能。清朝的诏令是保密的。关于同治皇帝死于何种疾病，至今众说纷纭，确切结论有待后人进一步考证。
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