一、生产工艺流程
1、固体菌种的生产工艺流程为一级试管种→二级原种→三级栽培种。
2、液体菌种的生产工艺流程为专用试管母种→发酵罐专用母种→发酵罐液体菌种，在生产过程中没有级的分别，既可以作为母种接原种，也可以作为原种或栽培种直接进行栽培，极大的简化了生产工艺。
二、生产周期
液体菌种从试管母种至专用母种再到发酵罐生产出液体菌种，一共只需要花费15天左右的时间，而固体菌种生产需要花费70天左右的时间。
三、污染率
液体菌种生产是在密封容器中进行，杂菌很难侵入，同时在生产过程中的检测手段十分完备，能够很好的保证液体菌种的纯度，而固体菌种的污染率相对较高。
四、生产成本
使用液体菌种接种的成本要低于使用固体菌种接种的成本。
五、生长速度
液体菌种从制种至菌丝长满栽培袋所需的时间为15天左右，从制种至出菇所需时间大约为30天左右，而固体菌种从制种至出菇大约需要4-5个月左右的时间。
六、保存时间以及运输难度
液体菌种在温度为20℃以下环境中的保存时间不超过7天，而在4℃左右的三角瓶中，保存时间也仅为60天左右，而且液体菌种的运输难度较大。