南通的历史可以追溯到6000多年前，长江上游携带的泥沙在江口堆积形成陆地，逐渐扩展为现今的冲积平原。这片土地的形成过程经历了多个阶段的沙洲并陆连接。
早在晋朝至南北朝时期，如东一带的扶海洲与扬州东部的沙洲相接，是南通成陆史中的第一次大规模沙洲连陆。随后，南通市区周围的沙洲如壶豆州、胡逗洲等逐渐扩展，与周边其他沙洲并接，将范围延伸至今日余西一带。10世纪中期，后周设立通州，管辖区域包括现今通州区和启东、海门的部分地区。
11世纪中期，东布洲的并陆是南通成陆史上的第三次大并接，东洲和布洲的并接形成了海门岛。元末至清初，通州东部江岸发生大规模坍塌，海门废县后改为海门乡，而18世纪中期的海门厅则标志着第四次大并接，沙洲与通州大陆连为一体。
19世纪末，现代南通的地域格局基本形成。清雍正年间，通州改为直隶州，辖泰兴和如皋。辛亥革命后，南通县公署设立，行政区划多次调整，涉及南通、如皋、靖江、海门等县的归属。抗日战争和解放战争时期，南通地区设立了多个行署和专员公署。
新中国成立后，南通市的设立和县区调整频繁，如析置南通市、启东县、如东县和海安县，以及崇明县的划归。1983年，南通市与南通地区合并，实行市管县体制，至1989年后，南通撤县建市，设立了四个县级市，2009年通州市改为通州区，南通市的行政区划历经多次变迁。
南通（Nan tong），中国历史文化名城，中国首批对外开放的14个沿海城市之一，位于江苏省东南部，东抵黄海，南望长江，“据江海之会、扼南北之喉”，地处长江三角洲北部，与中国经济最发达的上海及苏州隔江相望，被誉为“北上海” 。南通集“黄金海岸”与“黄金水道”优势于一身，拥有长江岸线226公里。在中国近代文化科教史上，南通创办第一所师范学校、第一座民间博物苑、第一所纺织学校、第一所刺绣学校、第一所戏剧学校、第一所中国人办的盲哑学校和第一所气象站等“七个第一”，被称为“中国近代第一城”。