是在《世纪末的魔术师》这一集里知道了柯南的身份：
在这部剧场版里，KID扮成的白鸟一直在跟踪柯南，观察柯南的行动，柯南在厕所里与博士联系都被他看在眼里，到最后，他为了还柯南救他鸽子的情，扮成了新一的样子帮他解围，逃过了小兰的怀疑。这时已经的的确确知道他是谁了。
角色介绍——
江户川柯南：主人公。虽然外貌是小学生，但其真实身份是有名的高中生侦探工藤新一。被灌下黑衣组织开发的毒药回到了小学生的模样，但头脑没有改变，借助阿笠博士开发的侦探工具，解决了一个又一个困难案件。
喜欢吃柠檬派。生日是5月4日。运动神经超群尤其擅长足球，但是个音痴。戴眼镜只是用来易容的。一直守护着青梅竹马的伙伴毛利兰。
毛利兰：工藤新一青梅竹马的女同学。与父亲小五郎和柯南3人生活在一起，不知道柯南的真实身份是新一。性格温柔，开朗活泼。在高中里是空手道部的队长，市里空手道比赛的冠军。一直惦记着以解决困难案件为理由而消失的新一，耐心的等着他回来。
怪盗基德：驰骋于世界各地，神出鬼没的大怪盗。技术一流，高超的易容术连柯南都能骗过。犯案之前经常狂妄的发送犯罪预告函，即使这样也能在众目睽睽之下将宝石或美术品等目标盗走，是柯南最大的劲敌。
扩展资料：
怪盗基德在《魔术快斗》中是剧情主要角色，在《名侦探柯南》中客串。与江户川柯南、铃木次郎吉等人进行了多次正面交手，大多情况为不分胜负或以解决第三方案件结束。
柯南一直希望抓捕怪盗基德（但由于基德只是到《名侦探柯南》中客串，涉及两部作品结局的问题，所以柯南没有抓捕基德或知晓基德真实身份的可能）。在《名侦探柯南》M 3《世纪末的魔术师》中，基德还得知了江户川柯南的真实身份（推测是通过窃听）。
参考资料来源：百度百科-怪盗基德
基德做案的时候被人偷袭受了伤，他的鸽子也受了伤，好在被柯南救。然后基德化成白鸟以查案的名义跟着柯南，就发觉这个小孩不一般。凭他的聪明知道柯南就是工藤，最后的结局的时候小兰怀疑柯南就是新一。这时候基德出现，扮成新一的样子，帮柯南解了围，算是还他救自己的白鸽的情况。
怪盗基德是驰骋于世界各地，神出鬼没的大怪盗。他技术一流，高超的易容术连柯南都能骗过。犯案之前经常狂妄的发送犯罪预告函，即使这样也能在众目睽睽之下将宝石或美术品等目标盗走，是柯南最大的劲敌。
但是在第219集《新一VS怪盗基德》里，介绍了基德与在变小之前的新一的一次较量（他们并没有真正碰面，新一甚至不知道小偷的名字），而且那个大背景正是在第76集《柯南VS怪盗基德》里，准备偷铃木财团暗夜星辰的基德回忆的往事。由此可见，在第76集里柯南虽是第一次见到基德，而基德已经感觉到柯南似乎就是从前那个给他添麻烦的侦探，所以要说基德知道柯南身份最早是就在第76集，但具体说明如何知道的就是在第 219集里。
而《世纪末的魔术师》是最早体现出基德看穿了柯南
2、另一种是在《世纪末的魔术师》里
第一种，在这一集里，由KID的表现上来看，刚开始遇到柯南时他是不知道的，只是觉得他“不是一个寻常的小孩吧”。但是从后面他的表现上来看，他已经通过他的调查发现了，因为他频繁化妆出入毛利的事务所，最后还做了和小兰一模一样的衣服扮成小兰，到最后柯南快抓住他时，他利用了柯南对小兰的担心成功逃脱，能这么准确地利用小兰，可见他是知道的。
讲KID在这一集知道的理由：虽无具体的确定的事实说明，但可以通过KID的表现来看出。
第二种，在这部剧场版里，KID扮成的白鸟一直在跟踪柯南，观察柯南的行动，柯南在厕所里与博士联系都被他看在眼里，到最后，他为了还柯南救他鸽子的情，扮成了新一的样子帮他解围，逃过了小兰的怀疑。这时已经的的确确知道他是谁了。
讲KID在这一部中知道的理由：在这一部中有具体的观察过程，并且扮成新一最后确定他知道的结果追答
知道秘密的有：
一、按知道的先后顺序排：
1、阿笠博士
（当然是第一个知道的）
2、3、有希子＆优作
（博士告诉他们的）
4、服部平次
（通过推理＋威逼知道的）
5、基德
（在第一次出场的时候就懂得利用小兰牵制柯南了，能这么准确地利用小兰，怎么可能不知道他的身份？并且在剧场版《世纪末的魔术师》里为了还柯南救他鸽子的情，还扮成新一的样子，帮他逃过了小兰的怀疑）
6、宫野明美
（她临死时问柯南到底是谁，柯南回答“工藤新一，是个侦探”）
7、灰原哀
（灰原哀是在调查新一时发现，应该很早就知道，但是因为她出场在后，所以排这里）
8、贝尔摩
（她是在调查哀的过程中发现的，具体不知道什么时候，反正在“345直面黑色组织的对决!满月之夜的二元神秘事件”里有讲她在博士家里安装窃听器，并且发给柯南的邀请信是直接写的是“新一”的）
9、朱蒂
（不知道她和贝尔摩是谁先知道的，她很早怀疑柯南并叫柯他cool boy。在“345直面黑色组织的对决!满月之夜的二元神秘事件”中她和柯南合作诱捕贝尔摩，是那次事件的策划参与者之一）
10、赤井秀一
（也不清楚他什么时候知道的，但是他肯定知道，他也参与了“345直面黑色组织的对决!满月之夜的二元神秘事件”，并且在“425Black impact ! 被组织的魔掌触碰的瞬间”中大家都去追踪黑衣组织，他却一个人到毛利的事务所对面埋伏。如果他不知道整个事情的来龙去脉，怎么会做出如此准确的判断呢？）
11、FBI的头头詹姆斯·布莱克＆FBI
（朱蒂不会对他的上司隐瞒她的调查结果的，所以他作为朱蒂的上司是知道的，在“258~259 来自芝加哥的男子”里他明显在试探柯南，并且从FBI以后的行动来看，他们明显对新一的身份是有默契的）在该集最后 詹姆斯·布莱克称柯南为cool guy guy是称呼少年的 说明他已知道柯南秘密
12、诺亚方舟
（这是剧场版《贝克街的亡灵》里弘树研制的人工智能，其实代表的是弘树自己，他是研究遗传基因的什么东东的，并且柯南在他所控制的游戏里，他当然是要有多清楚有多清楚）
目暮不知道
请看时间，谢谢
谢谢
本回答被提问者采纳但是在第219集《新一VS怪盗基德》里，介绍了基德与在变小之前的新一的一次较量（他们并没有真正碰面，新一甚至不知道小偷的名字），而且那个大背景正是在第76集《柯南VS怪盗基德》里，准备偷铃木财团暗夜星辰的基德回忆的往事。由此可见，在第76集里柯南虽是第一次见到基德，而基德已经感觉到柯南似乎就是从前那个给他添麻烦的侦探，所以要说基德知道柯南身份最早是就在第76集，但具体说明如何知道的就是在第 219集里。