初代 亲鸾圣人 1173.4.1～1262.11.28
俗家名：日野范宴，（生父日野有范）
他是藤原大织冠镰足十七世后代，净土真宗之开山鼻祖，受日本净土宗师法然及中国净土高僧学说之影响，在日本建立了富有日本特色的净土真宗。传说亲鸾曾被公主逼婚，婚后又愤然出家，因其与世俗有染，所以净土真宗的教义规定僧人只要心中有佛，娶妻生子又何妨，使日本佛教更加世俗化。对于一般信徒来说，不必死念经文，只要念诵“南无阿弥陀佛”这六字真言，将来即可成佛，佛教向简约化发展，由于入教容易，净土真宗很快就成为日本第一佛教教派。
次代 如信 1235～1300.1.4
亲鸾——善鸾——如信——净如——愿入寺空如（其后代为愿入寺家）
三代 觉如 1270～1351.1.19
俗家名：大谷宗昭
亲鸾——觉信尼姑（丈夫日野广纲）——本愿寺觉慧——觉如（其后人俗家姓大谷，为本愿寺家）
四代 善如 1333～1389.2.29
俗家名：大谷俊玄（养父日野俊光）
觉如——从觉慈俊（1296--1361养父日野俊光）——善如俊玄（以下没注明家系的均与上代是父子关系）其家自从觉开始以京都贵族作养父，势力渐渐达于宫廷。本愿寺家族又年年向天皇进贡收来的香火钱，使贫脊的皇室得以正常运转，因此得到了御门迹（皇家寺院）的称号。
五代 绰如 1350～1393.4.24
俗家名：大谷时艺（养父日野时光）
六代 巧如 1376～1440.10.14
俗家名：大谷玄康（养父日野资康）
七代 存如 1396～1457.6.18
俗家名：大谷圆兼（养父广桥兼宣）
八代 莲如 1415～1499.3.25
俗家名：大谷兼寿（养父广桥兼乡）
日本战国时代，各地军阀征战不止，为保护寺院财产，本愿寺成立了自己的武装部队，由住持任军队首脑，其后各地农民信徒不堪战祸侵扰，纷纷打着寺院的旗号发动起义，这就是历史上被称作一向宗动乱的事件。其中加贺地区的起义军赶走地方政权，建立自制佛国将近百年。1496年，莲如在今日大坂地区，建立石山御坊，是为军事基地石山本愿寺。（后来丰臣秀吉在此之上建立了大坂城）
九代 实如 1458～1525.2.2
俗家名：大谷光兼（养父日野胜光）
十代 证如 1516～1554.8.13
俗家名：大谷光教（养父九条尚经）
实如——圆如光融（1491—1521）——证如
十一代 显如 1543～1592.11.24
俗家名：大谷光佐，正室（称号为大里方）：三条公赖之女（三条公赖另一女嫁武田信玄）
1570，织田信长拥戴足利义昭进京，并对石山本愿寺索要军费，其实是借口开战；本愿寺不允，信长的铁炮部队便浩浩荡荡开来，和本愿寺调度的杂贺众，进行了战国史上罕见的洋枪大战，史称“石山战争”。显如遂宣布信长为“法敌”，号召全国门徒发动暴乱，反对信长。本愿寺更逐渐建联合了上杉、武田、三好、浅井、六角、朝仓等大名成立“信长包围网”，成为反对信长之政治、军事中心。1576年，信长开始攻击石山本城，本愿寺急寻毛利家村上水军救援，终于在木津口大败织田水军，但在1578年，织田家九鬼水军击败毛利水军，石山又受围困，且失去了海上补给。到1580年，显如见本愿寺实力消耗殆尽，对抗信长已无希望，只好放弃，以让出加贺和石山城为条件，在天皇之调解下同织田信长议和。织田与本愿寺长达十年的战争以本愿寺的失败而告终。
十二代 准如 1577～1630.11.30
俗家名：大谷光昭
本愿寺投降后，显如遂隐居，由准如继承门主。1591年，在丰臣秀吉帮助下，于京都崛川六条重新建立新本山，此后直到今天，都为本愿寺之本山所在。当时，显如之子教如因不满其父同信长议和，乃与显如脱离父子关系，在京都自立山门，为东本愿寺，而准如之本愿寺，称西本愿寺。至自，本愿寺分为东西两家。准如一脉的西本愿寺法统，被称为“真宗本愿寺派”，仍以正统自居；教如一脉的东本愿寺法统，被称为“真宗大谷派”。东西本愿寺同位于京都，已成为一道文化风景线。两寺并列为日本国宝，而西寺更被联合国教科文组织列为世界文化遗产。
十三代 良如 1612～1662.9.7
俗家名：大谷光圆，正室：九条幸家之女，继室：桂宫智仁亲王之女
十四代 寂如 1651～1725.7.8
俗家名：大谷光常
十五代 住如 1673～1739.8.6
俗家名：大谷光澄（养父大谷光常，生父九条兼晴）
十六代 湛如 1716～1741.6.8
俗家名：大谷光启（养父九条辅实）正室：闲院宫直仁亲王之女治子
十七代 法如 1707～1789.10.24
俗家名：大谷光阐（养父九条植基）
良如——本德寺昭尊——法如
十八代 文如 1744～1799.6.14
俗家名：大谷光晖（养父九条尚实）正室：二条宗基之女
十九代 本如 1778～1826.12.2
俗家名：大谷光摄（养父九条兼实）正室：二条治孝之女亲子，继室：二条治孝之女嬉子
二十代 广如 1798～1871.8.19
俗家名：大谷光泽，正室：鹰司政熙之女祥子
文如——显证寺晖宣——广如
二十一代 明如 1850～1903.1.18
俗家名：大谷光尊伯爵（养父九条尚忠）正室：心光院枝子
女儿：武子（和歌家，九条良政男爵夫人）
儿子：木边孝慈（锦织寺法主）
大谷光明（夫人九条道孝公爵之女纴子）
大谷尊由（内阁拓务大臣，北中国开发会社总裁）
二十二代 镜如 1876.12.9～1948.10.5，1914退位
俗家名：大谷光瑞伯爵（养父九条道孝）正室：九条道孝之女筹子
曾先后三次率探险队来华，窃走敦煌等地佛教宝物近七百件。
二十三代 胜如 1911.11.1～2002.6.14，1977退位
俗家名：大谷光照伯爵，正室：德大寺实厚之女嬉子
明如——大谷尊由（1886—1939）——胜如
二十四代 即如 1945～今
俗家名：大谷光真
