文渊阁建成之后，乾隆帝极为重视，他看到四库馆呈进的《永乐大典》辑本中有宋代程俱所撰《麟台故事》一书，“所载典掌三馆秘阁书籍，以执政领阁事，又有直秘阁、秘阁校理等官，颇称赅备”，立刻想到正在编纂的《四库全书》以及刚落成的文渊阁，因下令制定文渊阁官制职掌以及将来阁书管理章程。四十一年(1776)六月，乾隆帝在谕旨中说：“方今搜罗遗籍，汇为《四库全书》，每辑录奏进，朕亲批阅厘正。特于文华殿后建文渊阁弆之，以充册府而昭文治，渊海缥缃，蔚然称盛。第文渊阁国朝虽为大学士兼衔，而非职掌，在昔并无其地。兹既崇构鼎新，琅函环列，不可不设官兼掌，以副其实。自宜酌衷宋制，设文渊阁领阁事总其成，其次为直阁事，同司典掌，又其次为校理，分司注册点验。所有阁中书籍，按时检曝，虽责之内府官属，而一切职掌，则领阁事以下各任之，于内阁、翰、詹衙门内兼用。其每衔应设几员，及以何官兼充，著大学士会同吏部、翰林院定议，列名具奏，候朕简定，令各分职系衔，将来即为定额，用垂久远。”于是，大学士舒赫德召集吏部及翰林院有关官员，详细商定文渊阁官制职掌及各项管理章程。鉴于“文渊阁为图书之府，典籍充积，视宋三馆秘阁，尤为严重”，因而，在官制职掌方面，舒赫德等大臣提出参照宋代馆阁制度，“置文渊阁领阁事二员，以大学士、协办大学士、翰林院掌院学士兼充，总司典掌。置文渊阁直阁事六员，以由科甲出身之内阁学士，由内班出身之满詹事、少詹事、(侍)读(侍)讲学士，汉詹事、少詹事、读讲学士等官兼充，同司典守厘辑之事。置文渊阁校理十六员，以由内班出身之满庶子、(侍)读、(侍)讲、洗马、中(允)、赞(善)、编(修)、检(讨)，汉庶子、读、讲、洗马、中、赞、修撰、编、检，及由科甲出身之内阁侍、读等官兼充，分司注册点验之事”。同时，由内务府大臣兼充文渊阁提举阁事衔，管理日常“管钥启闭等事”；“再设文渊阁检阅官八员，由领阁事大臣于科甲出身之内阁中书内遴选，奏明兼充，令其于检曝书籍时，诣阁随同点阅，更足以昭慎重”。这一建议得到了乾隆帝的批准，文渊阁官制遂正式定为：“文渊阁领阁事二员，以大学士、协办大学士、翰林院掌院学士充之；提举一员，以内务府大臣充之；直阁事六员，以由科甲出身之内阁学士，由内班出身之满洲詹事、少詹事、读讲学士，汉詹事、少詹事、读讲学士充之；校理十六员，以庶子、侍读、侍讲、编修、检讨充之；检阅八员，以内阁中书充之。”当年七月，大学士舒赫德、于敏中被任为文渊阁领阁事，署内阁学士刘墉，詹事金士松，侍读学士陆费墀、陆锡熊，侍讲学士纪昀、朱珪等六人被任为文渊阁直阁事；十月，翰林官员翁方纲等十六人被任为文渊阁校理。这些在四库馆内分别担任不同职任的朝廷重臣及纂修官，就成为最早以原衔充任文渊阁各项职掌的官员。
乾隆四十六年(1781)年底，第一部《四库全书》告成，并于次年春入藏宫中文渊阁。作为首先入藏中秘重地的首部《四库全书》，乾隆帝对书籍的典藏、管理予以了充分的重视和极大的关注。
