1.稽查局
组织落实税务稽查法律法规、部门规章及规范性文件，拟订具体实施办法；组织、协调、督办税收违法案件的查处；受理税收违法案件的举报，办理重大税收违法案件的立案和调查的有关事项并提出审理意见；牵头组织实施税收专项检查和税收专项整治工作；协调公安、检察、审判机关处理税务稽查有关工作；指导、协调税务稽查工作。
2.车辆购置税征收管理分局
组织实施车辆购置税的征收管理工作，拟订征收管理具体实施办法；组织落实车辆购置税征收管理规章制度及规范性文件；承担车辆购置税的日常管理、日常检查、纳税服务等工作；组织实施车辆购置税的税源管理、纳税评估等办法；组织实施车辆税收一体化管理工作；对核定各类车辆最低计税价格提出建议；管理车辆购置税票证。
3.第一直属税务分局
负责全市范围内的纳税评估和大企业税收管理工作。
4.第二直属税务分局
负责全市外国企业驻京代表机构的税收管理工作；负责非居民企业税收管理工作；承担全市反避税工作；承担“走出去”企业的服务与管理工作。
5.第三直属税务分局
负责驻华使（领）馆退税管理工作；承担研发机构采购设备退税管理工作，以及已退税设备的日常监管工作；负责军贸公司出口退税管理工作；承担免税行的退税的管理工作；负责外贸企业出口货物退（免）税的管理工作。
6.第四直属税务分局（12366北京呼叫中心）
承担中央级和北京市级12366纳税服务热线税收业务知识库的运行维护工作，对各省级知识库运行维护进行监控，对各地专家队伍进行业务指导；负责全国纳税服务热线质量监控管理；承担纳税服务需求调查分析与应用；负责政策问题解答；承担全国12366各中心的管理指导；负责投诉举报受理督办；承办税务总局交办的其他事项；承办北京市政府交办北京市国家税务局、北京市地方税务局服务于北京市的地方性事项。
7.第五直属税务分局（大企业税收管理局）
