咸海是在上新世（700万∼250万年前）末期形成的，当时地壳下沉，地面水汇潴，是海侵的遗迹。从更新世（250万∼1万年前）以后，锡尔河与阿姆河的河水都注入咸海，使水位经常保持不变。
大约9000到10000年前，咸海面积非常小，也只有锡尔河注入其中。那时的阿姆河流向里海。咸海的表面水位是海平面以上31米。
在全新世早期和中期间（大约8000至9000年前），咸海地区的气候条件从干冷转变为温暖和潮湿。冰河位于海拔5000至8000米以上。阿姆河多余的水沿着咸海的方向流入阿克卡达亚地区，同时也流入萨雷卡梅什盆地，并经过乌兹博伊河流入里海。所以，当时很有可能同时存在三个三角洲：一个在萨雷卡梅什湖，一个是阿克卡达亚三角洲，还有一个就是咸海三角洲.
在4000至5000年前，阿姆河转变流向，改为注入咸海，湖面水位因而上涨了40米，达73m.a.s.l. 当时咸海的表面积是20世纪中叶的5到6倍。不只是大、小咸海盆地，就连萨雷卡梅什、苏多切尼、卡玛什巴斯和花拉子模盆地等都被水覆盖。这一时期可以被称为“大咸海”时代。
在3000至3500年前，水开始从大咸海湖溢流出来，向西南经过乌兹博伊河流入里海。这种外流使得咸海的水位下降了15米左右，稳定在58m.a.s.l.之后，咸海向乌兹博伊河的流动减少了，直到最终完全停止。卡瓦索夫和马梅多夫（1991）认为乌兹博伊河的完全干涸不只是气候变化造成的，人类的活动也难咎其责。他们还认为人类活动（通过灌溉的发展表现出来）对于将咸海流域分成咸海、花拉子模和萨雷卡梅什湖进程的影响远远大于通常人们所设想的。
追问那请问死海呢？
追答死海形成的原因说太复杂了你也弄不清楚，简单地说是：1、断层下陷，积水成湖（板块张裂）--------湖盆的形成2、注入淡水少，气温高，蒸发旺盛，含盐量高-----------高盐度的湖水形成
地质上的形成原因就是地层下陷板块运动形成的块状断代，而他的高盐度形成主要得益于死海位于沙漠中，降雨极少且不规则。利桑半岛年降雨量为65毫米。冬季气候温暖，夏季炎热。湖水年蒸发量平均为1400毫米，因此湖面往往形成浓雾。死海地区的气温太高，致使从约旦河流入死海的几乎所有的水（每天40-65亿升）都干涸了，留下了更多的盐。