河南大学附属南石医院，作为豫西南地区具有重要地位的医疗机构，以其在烧伤、脑血管病、椎间病和肿瘤等领域的专业优势而知名。医院现已构建出一个涵盖了42个专业科研治疗科室（病区）的全方位医疗服务体系。
临床医学科室包括：烧伤整形美容中心，脑血管病诊疗中心（包括ICU、神经内科一区、二区、神经外科、康复科、脑病中西医结合科、心血管内科、心脑血管介入科），肿瘤诊疗中心（涵盖肿瘤内科、胸外科、普外科、泌尿外科、放疗科），以及急诊科、脊柱关节科、疼痛科、骨科、妇产科、儿科、呼吸内科、内分泌科、风湿肾病科、眼科、耳鼻喉科和睡眠医学科，共计27个。
医技诊断科室则有麻醉科、手术室、放射科、超声科、医学影像科、体检科、检验科、碎石科、输血科、防保科、电生理科、无痛胃镜、高压氧室、病理室和消毒供应中心等，共有15个，为医疗诊断提供强有力的支持。
为了更好地服务大众，医院在南阳油田、乐凯集体第二胶片厂生活区、南阳市仲景路和二机厂生活区开设了油田分院、二胶分院、交通分院，以及南阳社区卫生服务站，让就医更为便捷。