中国水利水电科学研究院（简称水科院）隶属中华人民共和国水利部，是从事水利水电科学研究的公益性研究机构。
水科院本部由位于北京海淀区的南、北两座院落，以及大兴试验基地和延庆试验基地组成。京外有位于呼和浩特市的牧区水利科学研究所和天津市的水利电力机电研究所
1957年12月，中国科学院、水利部、电力工业部、交通部达成协议，正式决定中国科学院水工研究室与水利部北京水利科学研究院合并为中国科学院水利部水利科学研究院，由中国科学院与水利部共同领导，并密切与清华大学合作 。
1958年国家部委机构进行调整，水利部与电力工业部合并成立水利电力部 。1958年6月，电力工业部水电科学研究院与中国科学院、水利部水利科学研究院正式合并，于1959 年6 月更名为中国科学院、水利电力部水利水电科学研究院 。
1972年前水科院和电科院少数人在实验工厂下合为科研连。1973年水电部建水利电力研究所，下设水利研究室。1976年，水利研究室改成水利调度研究所。1978年4月，水利水电科学研究院恢复重建，先属中国科学院和水利电力部双重领导，后改属中国科学院、水利部和电力工业部三重领导。1994年9月，水利水电科学研究院更名为中国水利水电科学研究院。
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