黑客帝国系统是虚拟的，人脑慢慢的就会产生免疫，开始感觉到世界的不正常，这个时候就开始有人觉醒，所谓的觉醒，就是认识到黑客帝国是虚拟的，大约每隔几十年就有一次。
为此 黑客帝国的设计师，设计了锡安这个基地，让真实世界的人类思想去完善黑客帝国系统，这样人类就更加适应黑客帝国了，不在有和系统对抗的现象，但是只是一直，慢慢的还会，这就循环，锡安存在的意义
至于救世主，那是整个系统所有免疫的集合，当救世主觉醒后，必须携带他的思想完善黑客帝国系统，不然锡安就没有意义了，所以设计师让尼奥选择，如果他不把自己的代码献出了，那么锡安就彻底完蛋了，系统也崩溃了，整个人类就灭绝了。
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