根据《省人民政府办公厅关于印发湖北省移民局主要职责内设机构和人员编制规定的通知》（鄂政办发(2009)155号）,省移民局设8个内设机构:
一、办公室
负责文秘、信息、宣传、档案、后勤、财务、安全保卫、基建、保密、督办等日常工作；承担综合性文稿的起草和综合性会议的组织工作；承担移民政策的调研工作，起草移民地方性法规和政策并对其执行情况进行监督检查；承办行政诉讼和行政应诉的有关工作；负责局机关和直属单位的机构编制、人事、离退休干部、劳动工资等管理工作；拟订教育培训规划，组织指导系统的教育培训工作；承担机关党委的日常工作。
二、信访处
负责移民信访事项承办和移民突发事件的处理；督促指导全省移民信访工作；配合有关部门对重要信访案件调查处理。
三、计划财务处
负责移民补偿投资和补偿投资价差工作；参与编制全省移民安置年度计划，综合平衡全省移民后期扶持规划和年度计划；负责预决算的审查及年报编报、移民专项资金的审核拨付；负责移民统计工作；组织开展移民专项资金财务检查工作。
四、移民一处
负责三峡工程移民工作的管理与监督；负责三峡工程等后续移民工作的综合管理协调；协助开展三峡库区地质灾害治理工作和文物保护工作；组织实施三峡库区高切坡治理、移民安稳致富、移民安置区产业发展和三峡库区生态环境建设与保护工作。
五、移民二处
负责清江流域水库移民工作的管理与监督，指导省内在建、新建大中型水利水电工程移民工作。
六、移民三处
负责丹江口水库一期工程、黄龙滩、陆水水库移民工作的管理与监督，负责全省小型水利水电工程移民后期扶持工作。
七、移民四处
拟订南水北调中线工程移民搬迁安置规划、下达年度计划，并做好相应的管理与监督工作；负责对移民及专业项目实施情况进行检查监督。
八、移民五处
负责全省大中型水利水电工程移民工作后期扶持；负责编制大中型水库移民后期扶持规划和库区、安置区扶持资助项目年度计划，并组织实施与监督管理。
机关党委 负责局机关和直属单位的党群工作。设立机关党委办公室，与局办公室合署办公。
纪检监察机构 按有关规定设置。
人员编制
省移民局机关全额拨款事业编制为62名。其中：局长1名，副局长4名，纪检组长1名，总经济师1名；正处级领导职数10名（含机关党委专职副书记、监察室主任各1名），副处级领导职数10名。
