交大医学院明显更好。
复旦医学院在被合并前是上海医科大学，交大医学院的前身是上海第二医科大学。两者在被合并之前，确实是上医大实力比上二医强一些。但合并后至今，交大医学院的实力已经迅速超过了复旦医学院，不仅临床医学和口腔医学继续比复旦强，基础医学也和复旦不相上下。
最新的医学院排名中，北大医学部全国第一，协和医科大学第二，交大医学院第三，复旦医学院第四，排名也真实反映了医学院改革的成效和走势。由于复旦合并了上医大后，强制拆分成好几个平级院系，实力大打折扣是事实，而交大医学院却继续稳步发展中，以后两者的差距只会越来越大。
附属医院方面，交大也好于复旦，交大附属医院基本均为三甲医院，上海评级最好的医院也是交大附属瑞金医院，再加上仁济、新华等，三甲数量明显超过复旦所有的中山华山。
而就招生而言，交大北大清华都是采取医学院与本部录取分分开的方式，医学院录取分比本部低好几分都是很正常的，几年招生下来效果非常好，反观复旦医学院与本部同分录取，反而将医学搞得发展停滞不前。从今年开始复旦医学院也要和本部分开录取分数线了，这是回归正途的举措。
总之，交大医学院更好。
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