近年来，各级组织部门认真贯彻《干部任用条例》，大胆创新干部选任方式，积极推行差额考察，对选准用好干部起到了重要作用。但是也应看到，在干部差额考察中还存在着一些难点，其公信力也因此常常受到质疑。
难点之一：考察对象的不确定性。
在传统的干部考察中，考察对象一般在本单位或者本系统的后备干部人选中等额确定。其身份性质大都为机关干部，他们的情况组织部门或多或少都掌握一些，因此只需对拟任人选进行论证性考察。而差额考察时，无论是公选领导干部，还是其他必须实行差额考察的人选，都存在着非限定性、开放性和“成份”的复杂性等特点。考察对象没有事先预设，而是根据职位设置情况以及公开报名、笔试面试、民主推荐的结果随机产生，他们条件相当，机会均等。差额考察中名额方面没有确定数(至少两个以上)，人选方面不仅要在一定范围内预告公示，而且“成份”上会有较大突破，将不受本人身份性质、行业、地域、资历、台阶等的限制，情况更为复杂，组织部门没有“第一印象”资料。如此种种，都对准确识别干部增加了难度。
难点之二：考察要素的不均衡性。
实行等额考察时，考察对象一般都是本单位或本系统的后备干部，考察要素易于确定，具有可比性。而差额考察从对象上来说，有的在同一单位筛选，有的在来自不同单位的人选中选拔，而不同单位的人选其优势、特点各不相同；从工作岗位、拟任职位和层次方面来说，在正职与副职、机关与基层、党群部门与政府部门、政工干部与行政干部、后勤干部与专业技术干部之间也存在明显差异，其素质要求则不尽相同，需要从适岗适位的角度予以个别分析、综合比较。如果考察中简单地套用常规的要素作比较，过分强调领导干部的共性标准，忽视不同岗位、不同类别、不同层次的个性特征，势必会影响考察结果的可靠性。再者，职位不同，考察侧重点也就不一样，总之，差额考察时，由于考察要素的不均衡性，一定程度上增加了考察工作难度，影响了识别干部的准确性。
难点之三：工作主体责任的不明确性。
一是推荐主体责任不明确。目前在民主推荐环节，往往对推荐者缺乏严格、明确的责任约束。如果推荐者不出以公心，或对推荐对象情况不全面了解，考察组则难以客观地掌握考察对象的群众公认度，这就必然会对下道程序留下“隐患”。
二是考察主体责任不明确。一方面，就谈话者而言，由于没有相关的纪律规定，如果差额考察对象在同一单位内部产生，有的会因个人的好恶、亲疏而作出欠公正的评价；如果差额考察对象跨部门、跨单位、跨地域任职，有的出于“送一程”的心理，有的出于“推出去”的心理，会夸大优点特长，掩饰缺点短处，考察往往容易失真失实。另一方面，就考察者而言，虽然有明确的纪律要求，但队伍素质参差不齐，有的工作责任心不强，出于一已私利，隐瞒或歪曲事实真相；有的对干部考察程序、方法、要求不够熟悉，不能正确引导谈话对象反映真实情况，不能从蛛丝马迹中察觉出“弦外之音”；有的缺乏判断和综合分析问题的能力，对谈话内容不能做到去伪存真、去粗取精，对干部的本质特征把握不准；有的文字基本功欠扎实，不能恰如其分、全面客观地勾画出干部的面貌和特点，考察材料“千人一面”。凡此种种，由于对考察者的责任追究不及时、不到位，也影响了选人用人质量。
三是酝酿和任用决策的主体责任不明确。差额考察任用人选一般都经过考察组商定方案、部长会(部务会)听取汇报、领导小组会议把关确定初步人选(主要指公选、竞岗)、书记办公会研究、常委会或全委会票决等程序。任何一个环节都承担了一定责任，但又都没有明确责任。由于缺少必要的制度约束，容易造成把关不严，而致误选误用，功亏一篑。
