一代说的是作为拥有最纯正刺客血液的戴斯蒙被现代的圣殿组织绑架了，为了探索金苹果的所在位置，企图统一人类。进入一个记忆机器（叫A什么什么的）后我们便进入了阿泰尔的记忆，然后扮演的传奇刺客阿泰尔收到导师的指令去杀掉9个圣殿骑士（与刺客相对的组织，游戏中）最大的首领，当刺杀完第九个时，他发现自己的导师也是圣殿骑士，为了独占金苹果于是让阿泰尔去杀掉其他圣殿骑士头领，当然，这违背了刺客的信条（这个我也不太清楚，你可以上网搜搜）于是阿泰尔把导师干掉了，拿到了金苹果。
第二代，开头戴斯蒙被第一部里的博士的美女助手所救，女助手表明自己是潜伏的刺客，于是出逃后，来到一个刺客藏匿点，又进入了记忆机器，扮演一位叫艾吉奥的传奇刺客，大概说的是艾吉奥本是个富家子弟，后来父亲被陷害杀死，得知自己父亲是刺客，便继承父亲的衣钵，同时踏上了复仇之路，后来加入了刺客组织，从当时圣殿骑士的最高头领西泽尔教皇处夺回了金苹果和权杖（两个都是上古文明留下的神器）打开了神殿，知道了神是史前的高科技文明，，从解密的片段也得知人类史史前文明创造出来的，亚当和夏娃偷了金苹果出逃（刺客的先驱）。回到现在，圣殿骑士公司的人找到了藏匿点，于是开始逃跑
兄弟会
刺客一行人逃到了艾吉奥叔叔的庄园（现在的庄园）一开始会让你找路进去，然后找电源开启机器
之后进入记忆机器，探索艾吉奥之后的记忆，拿到金苹果后，艾吉奥吧苹果交给了自己的叔叔（也是一位刺客）；回到叔叔的庄园，后来庄园遇袭，老叔肯定挂掉了，金苹果也被抢走了。艾吉奥出逃，然后破坏当时教皇将军西泽尔波奇亚的权利，抢回金苹果（此金苹果具有破坏神经的功效）最后西泽尔波奇亚众叛亲离被新任抓了，出逃后收到一个国王收留，带兵攻打一个国家，于是我们的艾吉奥大叔最把他也刺杀了，然后把金苹果放在位于罗马角斗场的神殿里。回到现在，戴斯蒙探索神殿，找到了金苹果的所在位置，后来神佣金苹果控制戴斯蒙杀死了原来博士的女助手，说她是卧底，于是杀了女助手。然后戴斯蒙记忆混乱，被抬到了记忆机器上。
启示录
戴斯蒙的意识进入了记忆机器的缓存区，遇到了已知死亡的16号试验品（二代开头有交代）的意识，然后帮助戴斯蒙扮演艾吉奥较老时候，找到了原先阿泰尔藏在马西亚夫（一代中的刺客大本营，是这个名字吧）的秘密，在游戏中也看到了阿泰尔在刺杀自己导师后的经历。在游戏中艾吉奥看到了神对自己说话却说对戴斯蒙，知道自己作为媒介向戴斯蒙传播消息的事情然后说了些话（不记得了，大概就是叫戴斯蒙一类的吧）。然后回到戴斯蒙的意识，16号说缓存区要格式化一类的吧，然后牺牲自己帮助戴斯蒙恢复记忆，在结尾我们看到戴斯蒙终于醒了，然后他父亲（资深刺客）也来帮助他，看到他们驱车前往下一个地方。3,4没玩过，你可以自己玩一下或者上网搜。我说的知识大体，很多细节得自已去玩，在二到启示录之间有一段是说：神发明金苹果为了拯救自己的文明免遭太阳所引发的灾难，可惜失败了，不过他们预言灾难还会来，于是通过艾吉奥，让正在看艾吉奥记忆的戴斯蒙要收集共72个金苹果，解救地球。
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