鸭自然交配是让公母鸭在有水的环境中进行自行交配的配种方法。配种季节一般为每年的2～6月，即从初春开始，到夏至结束。自然交配有大群配种、小群配种和同雌异雄轮换配种三种方式。
（1）大群配种 将公母鸭按一定比例合群饲养，群的大小视种鸭群规模和配种环境的面积而定，一般利用池塘、河湖等水面让鸭嬉戏交配。这种方法能使每只公鸭都有机会与母鸭自由组合交配，受精率较高，尤其是放牧的鸭群受精率更高，适用于繁殖生产群。但需注意，大群配种时，种公鸭的年龄和体质要求相似，体质较差和年龄较大的种公鸭，没有竞配能力，不宜作大群配种用。
（2）小群配种 将每只公鸭及其所负责配种的母鸭单间饲养，使每只公鸭与规定的母鸭配种，每个饲养间设水栏，让鸭活动交配。公鸭和母鸭均编上脚号，每只母鸭晚上在固定的产蛋窝产蛋，种蛋上标记公鸭和母鸭脚号。这种方法能确知雏鸭的父母，适用于鸭的育种，是种鸭场常用的方法。
（3）同雌异雄轮换配种 育种工作中的家系育种为了充分利用配种间，多获配种组合和便于对配种的公鸭进行后裔测定和组家系，通常采用轮换配种的方法。这种方法主要是利用母鸭输卵管中精子老化，新精子替换老精子，以及持续受精等生理过程而设计的。这种方法可以在一个配种间内放入12～15只母鸭，在一个配种季内收集2～3只公鸭的后代。轮换配种方案很多，同时放入第1号公鸭，然后于10天后开始留种蛋，到22天将第1号公鸭撤走，第1号公鸭撤走后的5天以前母鸭所产的种蛋，全为第1号公鸭的；当第1号公鸭撤走后的第5天中午放入第2只公鸭，其后10天内的蛋为混杂的，不能留作种用，自第2只公鸭放入后第11天起留用该公鸭种蛋。如果单间结合人工授精，种蛋收集间隔的时间可适当缩短。其方案是在一单间鸭舍内第1只公鸭配种两周后取出，空1周不放公鸭，于第3周的最后1天午后，用第2只公鸭精液给母鸭输精，隔2天，于第3天上午放入第2只公鸭，前3周所得种蛋为第1只公鸭的后代，第四周前3天的种蛋为混杂，不作种用，自第4天起为第2只公鸭的后代。
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