区域农产品比较优势的理论基础来源于国际贸易理论中的比较优势理论体系。比较优势理论最早可追溯至亚当·斯密。斯密认为一国在国际贸易中应出口生产成本具有绝对优势的产品，进口生产上占劣势的产品， 一理论被后来的经济学家总结为绝对比较优势理论。李嘉图发展了斯密的比较优势理论，认为即使一国在生产所有产品上都具有较他国的绝对优势或劣势，也会通过国际贸易来实现更多的利益。他的理论被称为相对比较优势理论，并且由于其理论关注资源禀赋的配置状况，又被称为外生比较利益说。以后的比较优势学说的发展主要是沿着斯密和李嘉图这两条相互联系又具有差异的思路进行。其中外生比较优势理论由赫克歇尔和俄林进一步发展，总结成禀赋比较优势说，或简称为H1－O定理。比较优势理论尽管最早源于国际贸易领域，但对区域经济发展战略起着很大的指导作用，影响区域经济的发展格局，特别是在计划经济时代更是起着主导作用。这种惯性对今天的区域发展，特别是对农业经济的发展影响仍是深远的。显然，比较优势理论体系在产生正面作用的同时也带来了负面影响。导致有些人谈区域农业发展必称比较优势，有时没有优势就干脆自封优势，似乎到了一切从优势出发、没有优势就不能发展的地步，而结果并不让人满意。于是人们开始反思比较优势理论。
20世纪90年代波特提出了竞争优势理论，指出比较优势不一定是竞争优势，只有竞争优势才能在激烈的市场竞争中立于不败之地。加快发展一国的竞争优势是当务之急。这一理论对区域经济的发展同样具有重要指导作用。
20世纪末，杨小凯在批评新古典主流理论的基础上，从专业化和分工的角度拓展了对内生比较优势的分析。他们认为，内生比较优势会随着分工水平的提高而提高。由于分工提高了每个人的专业化水平，从而加速了个人人力资本的积累。这样，对于一个即使没有先天的或者说外生比较优势的个人，通过参与分工，提高自己的专业化水平，也能获得内生比较优势。他们分析了经济由自给自足向高水平分工演进的动态均衡过程，并阐释了斯密和扬格的思想：经济增长源于劳动分工的演进。他们的研究认识比较优势、开发竞争优势很有启示。
