明代的行政区划设置大体符合山川形便之处，但仍有一些不合理之处。如南直隶就地跨淮北、淮南、江南三个地区。而嘉兴、湖州、杭州三个太湖流域的府却被划入浙江省，与同为太湖流域的苏州府分离。而河南省也占据了局部的黄河以北土地。贵州省呈现中间窄两边宽的蝴蝶状。根据《明史·地理志》记载，终明一朝有府140，州193，县1138。而根据《明史·兵志二》记载，明有卫493，所359。此外，明还设置了介于省和府、县之间的道。道分为分守道和分巡道两种。明代并改元的路为府，以税粮多寡为划分标准。粮廿万石以上为上府。廿万以下十万以上为中府，十万以下为下府。
明朝大致上继承元朝行政区划，其一级地方行政区分置承宣布政使司（布政司）、提刑按察使司（按察司）与都指挥使司（都司）的都布按三司制度，分别掌管行政、司法与军事等三种治权，防止地方权力集中 。布政司通称省，底下依序有道、府与县。道是明朝特别设置介于省和府、县之间的行政单位，分为分守道和分巡道两种。府原为元朝的路，以税粮多寡为划分标准。粮廿万石以上为上府。廿万以下十万以上为中府，十万以下为下府。
军事区划有卫、所两制。明代宗、明英宗时设有中央派出管理行政的巡抚与管理军事的总督，地位在布政司与都司之上。为限制巡抚与总督的权力，又设有都御史制衡之。明朝最后有140府，193州，1138县，493卫，359所 。 更名：北平承宣布政使司→平燕承宣布政使司→北直隶 顺天府、保定府、河间府、真定府、顺德府（与广东历史名称上的顺德县区分）、广平府、大名府、永平府、延庆州、保安州 更名：直隶→南直隶 应天府、苏州府、松江府、常州府、镇江府、淮安府、扬州府、徐州、凤阳府（中都）、庐州府、安庆府、徽州府、太平府、池州府、宁国府、滁州、和州、广德州 陕西承宣布政使司 西安府、延安府、汉中府、平凉府、凤翔府、临洮府、河州、兴安州、秦州、邠州、灵州 山西承宣布政使司 太原府、大同府、汾州府、平阳府、潞安府、泽州府、沁州直隶州、辽州直隶州 山东承宣布政使司 济南府、兖州府、青州府、登州府、东昌府、莱州府 河南承宣布政使司 开封府、河南府、卫辉府、怀庆府、归德府、彰德府、汝宁府、南阳府、汝州直隶州 浙江承宣布政使司 杭州府、温州府、嘉兴府、金华府、衢州府、严州府、湖州府、绍兴府、处州府、台州府、宁波府 江西承宣布政使司 南昌府、袁州府、赣州府、吉安府、九江府、建昌府、广信府（并非封开，梧州交界的古广信）、饶州府、瑞州府、南安府、南康府、抚州府、临江府 湖广承宣布政使司 武昌府、郧阳府、汉阳府、荆州府、黄州府、承天府、襄阳府、德安府
长沙府、永州府、岳州府、衡州府、常德府、辰州府、宝庆府、黎平府 四川承宣布政使司 成都府、嘉定府、夔州府、重庆府、顺庆府、叙州府、镇雄府、保宁府、马湖府、龙安府 广西承宣布政使司 桂林府、平乐府、梧州府、浔州府、柳州府、庆远府、南宁府、思恩军民府、太平府、思明府、镇安府、田州、|归顺州、泗城州、向武州、都康州、龙州、江州、思陵州、凭祥州 广东承宣布政使司 明朝洪武二年（1369年），改广东道为广东等处行中书省，并将海北海南道改隶广东，广东成为明朝的十三行省之一 。广州府、肇庆府、韶州府、南雄府、惠州府、潮州府、高州府、雷州府、廉州府、琼州府、罗定直隶州。 福建承宣布政使司 福州府、延平府、建宁府、兴化府、漳州府、邵武府、泉州府、汀州府、福宁州 贵州承宣布政使司 贵阳府、安顺军民府、思南府、思州府、石阡府、镇远府、铜仁府、都匀府、普安安民府、普定军民府、平越军民府、黎平府 云南承宣布政使司 云南府、永昌军民府、永宁府、鹤庆军民府、曲靖军民府、景东府、元江军民府、广西府、广南府、顺宁府、寻甸府、楚雄府、澄江府、镇沅府、通西府、武定府、平缅府、蒙化府、孟爱府、孟艮御夷府、孟定御夷府、孟隆府、木朵府、木来府、丽江军民府、临安府 交趾承宣布政使司 交州府、北江府、谅江府、三江府、建平府、新安府、建昌府、奉化府、清化府、镇蛮府、谅山府、新平府、演州府、乂安府、顺化府、太原直隶州、宣化直隶州、嘉兴直隶州、归化直隶州、广威直隶州 三司分别为承宣布政使司、都指挥使司、提刑按察使司，其中承宣布政使司掌民政事务，都指挥使司掌军事，提刑按察使司掌刑狱。明代在地方设这三个官属，以使之分权，不致顾地方官权力过大。各布政使司设左右布政使各一名，从二品，掌管一省政务，其下辅官有左右参政、左右参议（无定员）等。各提刑按察使司置按察使一名，正三品，其下有副使，掌管一省“刑名按劾”，包括司法、监察等多重职能，逢重大事宜可以交三司会议，或上报巡抚、巡按。各都指挥使司设都指挥使一人，正二品，其下有都指挥同知、都指挥佥事等辅官，掌管一省军务、屯田、刑狱等。三司品级排名上，都司为最高，其次布司，最下按司，按此排序于朝廷表笺。
省以下的各府设知府一名，正四品，辅官有同知、通判等，掌一府政务，包括清军、巡捕、管粮、治农、水利、屯田、牧马等。府以粮收入分为三等，粮廿万石以上为上府，廿万石以下为中府，十万石以下为下府，原来知府品秩因府的等级而不同，不过后来统一。1428年（宣德三年）放弃交阯布政司后，明朝共有府153个。
各州设知州一名，从五品，辅官有同知、判官等。凡省下的直属州，其地位相当于府，而府下的属州，则视为府下的属县，不过州官的品秩并无区别。明朝直隶州、属州合计共234个。
府、州下有县，各县设知县一名，正七品，辅官有县丞、主簿等。县也按粮食收入分为三等，粮十万石以下为上县，六万石以下为中县，三万石以下为下县，原来县官品秩各有不同，后统一。明朝共有1171个县。
各地的军民府、土州、土县等建制，仿照普通的府、州、县。 提刑按察司是元朝（至元二十八年后改肃政廉访司）、明朝（改称提刑按察使司）、清朝（改称按察使司）三代设立在省一级的司法部门，主管一省的刑名、诉讼事务。同时也是中央监察机关－都察院在地方的分支机构，对地方官员行使监察权。主管为提刑按察使或称为按察使。简称臬台、臬司。提刑按察使在明代与承宣布政使并为一省最高长官，入清后则与布政使并为巡抚所制，虽名为同僚，实乃属官。
