你的问题描述得不完全哦。
你的是集体土地还是国有土地？
有没有规划证？
是仅仅超过限高一个问题，还是建筑面积也超出规定标准？
（以下按照国有土地为前提）
如果只是超过限高，那么交一个罚款就应该OK，因为楼层比较低，不涉及航空限高的问题。但这个跟你当地的规划有关，如果规划坚决不同意，那么超高部分还是属于违法建筑。罚款的金额各地不同，建议去规划局和国土局问一下。
如果还超出了建筑面积，那么需要补交地价，一般是按地价款的楼面地价补交，这个就跟你买地的价格相关，但也可能按照基准地价，这个还是得去规划局和国土局问一下。
但凡是未按原规划走，肯定得打通规划和国土局，得到批准后才可能拿到证，罚款只是一方面而已，比较麻烦。
祝顺利。
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