地理标志区别普通商标最显著之处为：地理标志能够标示某种商品来源于某地区，同时还能体现的特定质量、信誉或其他特征，普通商标则不能，具体区别有以下几点：
生产地域性
地理标志认定产品，必须跟姐姐不同的风土、物种、公益、人文等具体情况，限定产品生产的区域范围；
产品独特性
地理标志认证的产品，都必须具有给予当地地域特点的独特品质
命名地缘性
地理标志认证的产品，其名称均由该产品生产的地理区域名称、该产品品类通用名称两者偕同构成。
常见地理标有五常大米、大兴西瓜、平谷大桃等都有如下特点，而品普通商标则没有，同时地理标志与普通商标申请的主体也是不一样的，普通商标企业、个人、团体都可申请，而地理标志只能当地该行业协会进行申请。
当然地理标志证明商标作为商标的一个独特存在，亦必须遵守商标的一般使用审查规则
商标权具有独占性、转让性。地理标记因不被某人独有，而与特有的地区密切相关，所以不具有独占性、转让性，排斥在产自地区范围外产品上的使用。
地理标志的所有人更多承担的是义务，有义务许可本地区范围内符合地理标志条件的任何人使用，而且不能是以盈利为目的；有义务对地理标志使用者进行有效管理和监控，否则承担法律责任。地理标志的使用者在获得使用权利的同时要承担严格按标准使用的义务，否则丧失使用权。
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