秘密建储是雍正在经历九子夺嫡的混战后，雍正总结康熙朝，乃至前朝各种储君制度的优劣得出的“科学”方法。至于能否杜绝太子之争，不可能完全，但是非常可行，由于清朝的具体情况，秘密立储虽然不能说万无一失，却也起到了一定作用。
要说明秘密立储的优势，就要先看另外两种，也就是明立储君和不立储君的劣势。分别说一下：
一、不立储君的问题
这个很明显，如果不立储君，则皇子人人觊觎皇位，一旦皇帝有什么意外，哪怕只是一个小病，都可能造成朝局不稳，诸皇子跃跃欲试。而皇帝如果去世，没来得及留下遗命，谁能接班？自然是一场腥风血雨争夺皇位。即使有诏书，谁能证明这诏书就是先皇所写？大有可能又有皇子不服。
雍正本人正是深受其苦。由于康熙的突然去世，雍正继位一直被人怀疑。有遗诏但也有疑问，比如满文本遗诏居然没有继承人部分，而汉文本遗诏又是雍正继位后才颁布。结果雍正篡位的说法甚嚣尘上，雍正为了解释颁布天下《大义觉迷录》，对自己的各种传闻一一解释，结果反而欲盖弥彰，越描越黑，最终无奈，乾隆继位后不得不宣布此书为禁书，收缴销毁。根本原因是什么？就是康熙生前没有明确过雍正的储君身份，所以他继位会被怀疑。
二、明立储君的问题
明立储君，是历朝历代的普遍做法。为的是国本早定，明确皇位接班人，以避免在君主突然出问题时有人可以及时接班，避免发生皇位争夺。但是，自古太子一直是最难做的一个位子。明立储君有三个危险：
第一是与皇帝产生矛盾。皇权是至高无上，不容任何人染指的，包括自己的继承人。但一旦太子早立，难免与皇帝产生某些分歧，而作为未来的皇帝，自然有无数官员巴结，极易形成东宫集团分割皇权，这是皇帝所不能容忍的。另外太子做储君日久，难免心生懈怠行事不再恭敬，或是者抱怨。康熙的太子胤礽不也说过过自己竟然做了三十几年太子，无论是懈怠还是抱怨，都会让皇帝对储君产生不满，矛盾加剧。
第二是被觊觎皇位的兄弟们谋害。储君之位虽然早定，但不能完全磨灭其他皇子的夺位之心，为了取代太子，他们可能无所不用其极。有如隋文帝时，晋王杨广极力陷害哥哥太子杨勇夺到太子之位，如李世民发动玄武门之变杀太子李建成上位，如李世民的太子李承乾和三子李恪互相攻击，竟然逼得李承乾发动叛乱，最后两败俱伤。就算是康熙朝，大阿哥胤禔也以巫术诅咒太子胤礽，更在废太子后向康熙建言诛杀胤礽。如此兄弟相残，自然是皇帝极不愿意看到的。
第三就是与储君有矛盾的大臣会想方设法阻挠储君继位。太子就是将来的皇帝，一朝天子一朝臣，那些不受太子喜爱的大臣自然会为自己的未来担忧。最典型的就是汉武帝时期的巫蛊之祸。因江充与太子刘据有隙，乘主审巫蛊案时诬陷太子，最后刘据在恐惧中起兵诛杀江充，被镇压后与母亲卫子夫都害怕武帝治罪而自杀。
故而，秘密立储，将皇帝属意的继承人姓名提前写好，藏在正大光明匾额后。一旦皇帝驾崩，取出诏书，遵照执行即可。既避免了皇帝死后没有明确的继承人产生朝局动荡，又能防止储君心生懈怠，更是对储君的保护。由于秘密立储，其他觊觎皇位的皇子没有明确目标，不敢擅自行动。可谓非常合理。
就雍正之后的继位情况来看，秘密立储制度也对皇位的稳固传承起到了一定作用。雍正驾崩后，乾隆继位。虽然雍正子嗣不多，弘历也本就特别突出，但也难保其他大臣会怂恿鼓动弘昼、弘曕夺位。秘密立储给弘历以保护；乾隆是主动退位，所以嘉庆继位时乾隆尚在，秘密立储没有起到作用；嘉庆去世时遗诏出了点幺蛾子，一时没有找到，现任皇后钮祜禄氏大公无私，没有让自己的两个儿子继位，而是选择原配皇后之子，更年长的绵宁继位。
似乎秘密立储没有起到作用，但皇后的大公无私或许也正是因为知道传位诏书里写的不是自己儿子的名字，而后来也证明了诏书里确实是绵宁；最有效的属道光了，道光时期四阿哥奕詝和六阿哥奕欣让道光举棋不定，最终在传位诏书写下立奕詝为皇太子，封奕欣为亲王，体现对六阿哥最后的疼爱。虽然有人会认为奕詝（也就是咸丰）不算好皇帝，但至少保证了皇位顺利过度，否则，极有可能两个皇子为大位先行发生内乱。此后咸丰只有一子存活，同治光绪无子，秘密立储也就完成历史使命了。