奈曼旗在元朝兴起之前便已形成一个部落，而且是蒙古草原强大部落之一。公元十三世纪初，奈曼部被
成吉思汗征服，之后一直在漠北草原游牧。公元十六世纪后期，成吉思汗第十五世孙巴图蒙克又一次统一蒙古草原，史称达延汗，达延汗子图鲁博罗特分封于漠北，领乃蛮部，明
嘉庆年间乃蛮部南跋老哈河流岸驻牧。图鲁博罗特次子纳密克之子贝玛图谢图生子二，长子岱青杜楞，号所部曰“敖汉”，次子额奈伟征额颜，号所部曰“奈曼”。
额奈伟征额颜去世后，其衮楚克继任奈曼部落首领。这时，明朝统治阶级日趋腐败，社会危机不断加深阶级矛盾和民族矛盾日益激化，北方形势发生了重大变化。当时，后金对漠南东部一些愿意归顺的动摇的蒙古族首领采取积极联合的政策，凡是率部来归的一律封官赐爵，有的还与之联姻。衮楚克权衡利弊，毅然偕同其侄鄂其尔率所属箭丁，同敖汉部一起，于后金天聪元年（1627）归附于
皇太极，察哈尔部长林丹汗知道后，立即派兵讨伐奈曼部，被衮楚克击退。此时，明朝又派人诱降，被衮楚克拒绝，并将诱降书也献给了后金。此举皇太极很赏识，即诏还旧牧地---奈曼部落，赐号衮楚克为“和硕齐”。任鄂其尔为边防将军，赐双盔双甲。
天聪二年，衮楚克随清军出征，讨伐察哈尔部；天聪五年征索伦；六年征兴安岭；七年征蓟州、山东、攻兖州；天聪八年（1634）定外籍禁令。对
巴林、翁中特、奈曼、敖汗、四子部落、阿鲁科尔沁、扎鲁特部划定游牧地界，分定户口，奈曼部的疆界作了明确规定。崇德元年（1636）授奈曼扎萨克多罗达尔罕郡王爵位。
《清史稿》载：“奈曼部一旗，扎萨克驻彰武台，在喜峰口东北七百里，西南距京师一千一百一十里``````牧地当黄河、老哈河合流之南岸。东界科尔沁，西界敖汉，南界土默特，北界翁牛特。广九十五里，袤二百二十里。北极高四十三度十五分，京师偏东五度，贡道喜峰口。”
清政府为了加强对蒙古地区的控制，即将蒙古地区的领导关系取消，对归属的蒙古部逐一偏旗，划定疆界稽查户口编制牛录，建立了新的组织一旗，实行了盟旗制度。漠南二十四部划为四十九旗，当时，奈曼部落划为一旗，袭用原名为“奈曼旗”。